La Chirimoya (Annona cherimola Mill.) es una planta que se cultiva principalmente en los valles interandinos de la región Lima, Perú, que presentan condiciones adecuadas para su producción. Sin embargo, estas condiciones, también, favorecen el desarrollo de patógenos que causan el decaimiento y muerte de las plantas de chirimoya. El objetivo del estudio fue identificar molecularmente el agente causal de la pudrición de la raíz de chirimoya. Se recolectaron raicillas de chirimoya con síntomas leves y severos de pudrición de los valles: Huanangui, San Antonio de Cumbe y Huaral, Lima. En medio PDA y V8 se obtuvieron siete aislados de Phytophthora con micelio coraloide, petiolado, hifas cenocíticas con hinchamientos hifales, esporangios obpiriformes, ovoide sin papilas y con clamidosporas globosas. Las regiones de la subunidad II del citocromo oxidasa (Cox2) y del factor de elongación alfa 1 (EF1-α) se amplificaron utilizando los primers FM75, FM78, EF1AF y EF1AR. Las secuencias obtenidas mostraron una similitud del 99,22 al 99,87 % para Cox2 y del 99,04 al 100 % con EF1-α para Phytophthora cinnamomi. El árbol filogenético mostró una topología congruente con las accesiones de Phytophthora. Se concluye que P. cinnamomi es el causante de la pudrición de la raíz, siendo este el primer reporte sobre la presencia de este patógeno en plantas de chirimoya en el Perú.