El estudio de la microbiota ha adquirido un nuevo enfoque de interés, ya que interviene en diversos procesos fisiológicos involucrados en el desarrollo y rendimiento de los animales domésticos. Participa en el eje-microbiota-intestino-cerebro, con procesos que rigen el sistema nervioso hacia el intestino y viceversa. El objetivo de este trabajo fue identificar la importancia de la microbiota gastrointestinal de pollos de engorda y gallinas de postura y su relación con procesos fisiológicos que afecten el desarrollo, rendimiento, comportamiento y salud. En el tracto gastrointestinal de estas aves se han identificado alrededor de 17 filos de bacterias, con microorganismos predominantes según el sitio anatómico dentro del tracto y por ende con diferente función, por ejemplo, buche: Lactobacillus, Enterobacteriaceae; proventrículo: Clostridiaceae, Enterococcus; intestino: Escherichia, Streptococcus. Distintos factores intervienen en la colonización y desarrollo de la microbiota, desde el programa de alimentación y manejo, tipo de cama y densidad animal, entre otros. Existen microorganismos potencialmente patógenos que impactan negativamente en la microbiota y puedan llegar al consumidor, como Campylobacter jejuni, Salmonella enteritidis y Escherichia coli, de ahí su importancia al momento de trazar las directrices en las producciones pecuarias.