Los objetivos de este estudio fueron analizar las diferencias entre mujeres participantes/no-participantes en un programa de ejercicio físico, en la capacidad funcional (fuerza muscular del tren superior e inferior y capacidad cardiorrespiratoria) y calidad de vida relacionada con la salud (función física y salud mental), así como analizar la asociación entre las variables mencionadas y determinar si la capacidad funcional e índice de masa corporal (IMC) son mediadores en la relación entre función física y salud mental. La muestra estuvo compuesta por 340 mujeres, 183 pertenecieron al grupo “participantes” en un programa de intervención de ejercicio físico Pilates-Aerobic (Medad=68.8; DT=5.3), mientras que 157 pertenecieron al grupo “no-participantes” (Medad=69.9; DT=7.1), ya que no recibieron ningún tipo de intervención. Los resultados ponen de manifiesto que las mujeres participantes presentan mejor capacidad física funcional y perciben una mejor función física que las mujeres no-participantes. La función física y la salud mental, en ambos grupos de mujeres, presentan una correlación negativa. Las variables evaluadas objetivamente en relación a la capacidad funcional física y el IMC no resultaron mediadores en la relación entre función física y salud mental, excepto en el grupo de participantes, en las cuales, la fuerza muscular del tren superior es un mediador que potencia la relación negativa entre la percepción de la calidad de vida con respecto a la función física y la salud mental. Se destaca la necesidad de futuras líneas de investigación que permitan discernir cómo el ejercicio físico favorece el estado psicológico en mujeres mayores teniendo en cuenta las recomendaciones sobre el tipo, la frecuencia y la intensidad de ejercicio físico.