RESUMOObjetivo: Comparar a espessura corneana central (ECC), a densidade (DCEC) e a área média (ACM) das células endoteliais corneanas centrais após trabeculectomia (TREC) com e sem mitomicina C (MMC). Métodos: Estudo prospectivo. Foram avaliados 29 olhos divididos em dois grupos: TREC com e sem MMC. Realizaram-se os seguintes exames pré-operatoriamente e três e seis meses após a TREC: paquimetria ultra-sônica e microscopia especular de não-contato. Resultados: As variações da ECC, DCEC e ACM dos olhos submetidos a TREC com MMC foram, respectivamente: -11,9±25,7 µm, -169,5±145,3 células/mm 2 e 42,5±33,4 µm 2 (três meses); -7,5±28,1 µm, -220,6±200,2 células/mm 2 e 31,5±65,3 µm 2 (seis meses). As variações da ECC, DCEC e ACM dos olhos submetidos a TREC sem MMC foram, respectivamente: -13,9±16,7 µm, -200,8±155,4 células/mm 2 e 34,6±52,4 µm 2 (três meses); -10,2±15,6 µm, -277,6±195,7 células/mm 2 e 34,3±41,0 µm 2 (seis meses). Conclusão: TREC realizada com MMC, quando comparada a TREC sem MMC, não acarretou maior redução da DCEC central. Também não houve variação na ECC e na ACM nos dois grupos, após seis meses de seguimento.