Pesq. Vet. Bras. 34(2):167-172 fevereiro 2014 167 RESUMO.-[Ocorrência e caracterização da criptococose em cães e gatos em Mato Grosso.] A criptococose é uma infecção que afeta humanos e animais sendo a etiologia atribuída às espécies Cryptococcus neoformans variedade neoformans, C. neoformans var. grubii e C. gattii. A doença é comum em cães e gatos, causando infecções respiratórias, neurológicas, cutâneas e oculares. Com o objetivo de entender melhor a epidemiologia da criptococose em animais, este trabalho descreve a ocorrência e a caracterização de espécies de Cryptococcus em pequenos animais doentes no Estado de Mato Grosso, Brasil. Amostras clínicas de quatro casos, dois em felinos e dois em caninos, foram submetidas à análise patológica, microbiológica e molecular. Microscopicamente, em três casos, nos cortes de tecidos corados pela hematoxilina notou-se desde ausência até acentuada inflamação granulomatosa composta por histiócitos, célu-las multinucleadas e infiltração linfocitária. Em um caso, na análise citológica de "imprint" observou-se infiltrado inflamatório similar composto principalmente por células mononucleares e linfócitos. Em todos os casos havia variá-vel quantidade de estruturas fúngicas intra e extracelulares Cryptococcosis is an infection that affects humans and animals, the etiology is attributed to Cryptococcus neoformans variety neoformans, C. neoformans var. grubii and Cryptococcus gattii. The infection is common in dogs and cats, causing respiratory, neurological, cutaneous and ocular infections. Aiming to better understand the epidemiology of cryptococcosis in animals in the region, this paper describe the occurrence and characterization of the Cryptococcus species involved in this illness in pet animals at Mato Grosso State, Brazil. Clinical samples of four cases, two in cats and two dogs, were submitted for pathological, microbiological and molecular analysis. Microscopically, in three cases, tissue sections stained with hematoxylin and eosin had absence to severe granulomatous reaction composed by histiocytes, multinucleated cells and lymphocytes infiltration. In one case, citological imprint analysis showed similar inflammatory mainly mononuclear and lymphocyte cells infiltration. All cases had variable amounts of intracellular and extracellular fungal structures compatible with Cryptococcus sp. on Periodic Acid-Schiff (PAS) stain. All clinical samples were positive for culture on Sabouraud Dextrose Agar (SDA) and morphologically classified as Cryptococcus sp. The isolates were PCR positive for C. gatti, being confirmed by sequencing technique. The findings characterize the molecular species involved in animal infections in the region, and may contribute to future studies of the epidemiology of C. gattii.