CRISPR-ERA: a comprehensive design tool for CRISPR-mediated gene editing, repression and activation: Fig. 1.

Liu, Honglei; Wei, Zheng; Dominguez, Antonia A.; Li, Yanda; Wang, Xiaowo; Qi, Lei S.

doi:10.1093/bioinformatics/btv423

Cited by 193 publications

(114 citation statements)

References 18 publications

Supporting

Mentioning

112

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Together, these techniques of activating (CRISPRa) or repressing (CRISPRi) genes at will can be combined to allow researchers to reversibly modulate gene expression with a dynamic range of several orders of magnitude (Gilbert et al, 2014). A public tool is available to facilitate the design of appropriate sgRNAs to enable efficient CRISPRi and CRISPRa (Liu et al, 2015a). Researchers have also used genome-wide sgRNA libraries in high-throughput CRISPRi and CRISPRa screens to identify genes that result in phenotypes of interest when up- or down-regulated (Gilbert et al, 2014).…”

Section: Epigenome Editingmentioning

confidence: 99%

CRISPR-Based Technologies for the Manipulation of Eukaryotic Genomes

Komor¹,

Badran²,

Liu³

2017

Cell

845

575

View full text Add to dashboard Cite

The CRISPR-Cas9 RNA-guided DNA endonuclease has contributed to an explosion of advances in the life sciences that have grown from the ability to edit genomes within living cells. In this review we summarize CRISPR-based technologies that enable mammalian genome editing and their various applications. We describe recent developments that extend the generality, DNA specificity, product selectivity, and fundamental capabilities of natural CRISPR systems, and some of the remarkable advancements in basic research, biotechnology, and therapeutics development that these developments have facilitated.

show abstract

Section: Epigenome Editingmentioning

confidence: 99%

CRISPR-Based Technologies for the Manipulation of Eukaryotic Genomes

Komor¹,

Badran²,

Liu³

2017

Cell

845

575

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Akademik laboratuvarlar tarafından geliştirilen bir uygulama ise çok sayıda farklı türde gRNA tasarımı yapılabilmesini desteklemektedir; E-CRISP, CHOP-CHOP, CRISPR Direct ve CRISPR-ERA. [39][40][41][42] Bu uygulamaların ço-ğunda gRNA'ların diziye özgül potansiyel hedef dışı etkileri ve gRNA'ya bitişik uygun bir PAM dizisinin olup olmadığı taranmaktadır.…”

Section: Cpf1 (From Various Species) Ttnunclassified

“…Tur ki ye Kli nik le ri J Med Sci 2017;37(1): [27][28][29][30][31][32][33][34][35][36][37][38][39][40][41][42] (poli etilenimin, poli(L-lizin), Poli[2-(dimetilamino) etil metakrilat); dendrimerler; doğal katyonik polimer olan kitozan sayılabilir. 57 Miller ve ark.…”

Section: Crispr-cas9 Si̇stemi̇ni̇n Transfeksi̇yon Ve Taşinma Strateji̇leri̇unclassified

From the Immune Response to the Genome Design; CRISPR-Cas9 System: Review

Çetintaş¹,

Kotmakçı²,

Kaymaz³

2017

Turkiye Klinikleri J Med Sci

View full text Add to dashboard Cite

Tur ki ye Kli nik le ri J Med Sci 2017;37(1):27-42 BAĞIŞIKLIK SİSTEMİ OLARAK CRISPR-CasPatojenler, özellikle virüsler, gelişmiş canlılarda olduğu kadar tek hücreli canlılar için de tehdit oluş-turmaktadır. Bu bakımdan tek hücreli canlıların da virüslere karşı genomlarını korumak için bir savunma sistemine sahip olmaları gerekmektedir. Yirmi yıl öncesine kadar, bakterilerin bağışıklık sistemi olarak sadece doğal restriksiyon enzimlerine sahip olduğu biliniyordu. Ancak son yıllarda yapı-lan çalışmalarda, bakterilerin de karşılaştıkları patojenlere karşı kazanılmış bağışıklık sistemi geliştirebildikleri gösterildi. Günümüzde CRISPRCas olarak adlandırılan bu sistemin arkelerin %84'ünde ve bakterilerin ise yaklaşık %45'inde bulunduğu bilinmektedir. 1Prokaryot canlılarda "d dü üz ze en nl li i a ar ra al lı ık kl la ar rl la a b bö ö--l lü ün nm mü üş ş k kı ıs sa a p pa al li in nd dr ro om mi ik k t te ek kr ra ar r k kü üm me el le er ri i" (CRISPR: clustered regularly interspaced short palindromic repeats) adı verilen belirli DNA bölge-leri kazanılmış bağışıklık sisteminin temelini oluşturmaktadır.2,3 CRISPR bölgelerinin tekrarlayan palindromik dizileri ilk olarak Ishino ve ark. tarafından Escherichia coli'de Apoptoz inhibitör protein (IAP: The inhibitory of apoptosis protein) gen dizisi çalışılırken bulunmuştur. 4 IAP geninin dizi analizi sırasında, aşağı akış bölgesinde 29 nük-leotit (nt) tekrar kümeleri ve bu tekrarların arasında 32 nt ara DNA bölgeleri belirlenmiş ancak fonksiyonları anlaşılamamıştır. Sonraki yıllarda yapılan çalışmalar tekrarlayan DNA bölgelerinin çok sayıda bakteri ve arkelerde bulunduğunu, ayrıca bu bölgelerdeki DNA dizilerinin plazmitler, transpozonlar ve bakteriyofajlar gibi ekzojen mobil genetik elementlerle özdeş olduğunu göstermiştir. 5Biyoinformatik analizler CRISPR bölgelerinin, yakınlarında bulunan C Ca as s (CRISPR associated) genleri ile ilişkili olduğunu göstermekle birlikte, birçok Cas geninin nükleaz ve helikaz gen ailelerine benzer diziler içerdiğinin keşfedilmesini sağlamış-tır.3 Bu bulgular CRISPR/Cas sisteminin RNA-aracılı bir savunma sistemi olabileceği hipotezini ortaya çıkartmıştır. Bu hipotez Barrangou ve ark.nın 2007 yılında yapılan çalışmasında doğru-lanmış, CRISPR sekanslarının ve ilişkili Cas proteinlerin bakteriyofaj enfeksiyonuna karşı müdahale yönelttiğini kanıtlamıştır.2 Son 10 yılda RNA-aracılı müdahale olarak CRISPR/Cas mekanizması büyük oranda aydınlatılmıştır.CRISPR bölgelerinin en belirgin özelliği, içer-dikleri tekrarlayan kısa DNA dizileridir (Şekil 1). Palindromik olan bu kısa DNA bölgeleri 5'den 3'e ve 3'den 5'e, her iki yönde de aynı okunan dizilerdir. Palindromik DNA dizi tekrarlarının arasında ise aralayıcı (spacer) adı verilen DNA bölgeleri bulunur. Özgün DNA dizilerinden oluşan aralayıcı bölgeler, kazanılmış bağışıklık sisteminin belleğini oluşturan temel öğelerdir. Bu bölgeler genellikle bir virüsün veya plazmitin nükleik asitlerinden prokaryot genomuna alınır. Prokaryot bir organizma aynı virüs ile tekrar karşılaştığında ise aralayıcı diziler tan...

show abstract

“…Numerous computational tools are freely available to aid sgRNA design for a wide spectrum of PAM sequences, as well as for on-target efficiency and off-target cleavage predictions: Broad GPP Portal 24 , Cas-Database 25 , Cas-OFFinder 26 , CasOT 27 , CCTop 28 , COSMID 29 , CHOPCHOP 30,31 , CRISPRdirect 32 , CRISPR-DO 33 , CRISPR-ERA 34 , CRISPR-P 35 , CROP-IT 36 , DNA Striker 12 , E-CRISP 37 , flyCRISPR 38 , GUIDES 39 , GuideScan 40 , GT-scan 41 , MIT CRISPR design tool 8 , WU-CRISPR 42 , CRISPRseek 43 , sgRNAcas9 (ref. 44), and CRISPR multiTargeter 45 , as well as others offered by companies such as Deskgen 46 and Benchling 46 .…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Integrated design, execution, and analysis of arrayed and pooled CRISPR genome-editing experiments

et al. 2018

View full text Add to dashboard Cite

CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) genome-editing experiments offer enormous potential for the evaluation of genomic loci using arrayed single guide RNARNARNAs (sgRNAs) or pooled sgRNA libraries. Numerous computational tools are available to help design sgRNAs with optimal on-target efficiency and minimal off-target potential. In addition, computational tools have been developed to analyze deep-sequencing data resulting from genome-editing experiments. However, these tools are typically developed in isolation and oftentimes are not readily translatable into laboratory-based experiments. Here, we present a protocol that describes in detail both the computational and benchtop implementation of an arrayed and/or pooled CRISPR genome-editing experiment. This protocol provides instructions for sgRNA design with CRISPOR (computational tool for the design, evaluation, and cloning of sgRNA sequences), experimental implementation, and analysis of the resulting high-throughput sequencing data with CRISPResso (computational tool for analysis of genome-editing outcomes from deep-sequencing data). This protocol allows for design and execution of arrayed and pooled CRISPR experiments in 4–5 weeks by non-experts, as well as computational data analysis that can be performed in 1–2 d by both computational and noncomputational biologists alike using web-based and/or command-line versions.

show abstract

CRISPR-ERA: a comprehensive design tool for CRISPR-mediated gene editing, repression and activation: Fig. 1.

Cited by 193 publications

References 18 publications

CRISPR-Based Technologies for the Manipulation of Eukaryotic Genomes

CRISPR-Based Technologies for the Manipulation of Eukaryotic Genomes

From the Immune Response to the Genome Design; CRISPR-Cas9 System: Review

Integrated design, execution, and analysis of arrayed and pooled CRISPR genome-editing experiments

Contact Info

Product

Resources

About