Antecedentes La malaria urbana es un problema de salud pública en Colombia y aún existe desconocimiento sobre sus características epidemiológicas, las cuales son clave para la implementación de medidas de control. La presencia de casos de malaria urbana y el diagnóstico de la enfermedad son algunos de los desafíos que enfrentan los programas de eliminación de la malaria. El objetivo de esta investigación fue estimar la prevalencia de malaria, explorar factores asociados y detectar genes pfhrp 2/3 , en la zona urbana de Tumaco entre julio y diciembre de 2019. Métodos Se realizó un estudio de prevalencia utilizando un muestreo probabilístico aleatorio estratificado. Se administraron encuestas estructuradas y se tomaron muestras de sangre y se examinaron mediante microscopía óptica, pruebas de diagnóstico rápido (RDT) y reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Se utilizó un modelo de regresión logística para explorar los factores asociados. Resultados Se encuestó a 1.504 personas que vivían en 526 hogares. La prevalencia global fue del 2,97% (IC 95%: 2,1 - 4,3%). Fue mayor en varones, en el grupo de edad de 10 a 19 años y en casos asintomáticos. La prevalencia de la amplificación de pfhrp2 fue del 2,16 % (IC del 95 %: 1,6 - 2,9 %). Los hogares con tres o más personas tenían un mayor riesgo de infección por paludismo (odds ratio ajustado [ORa] 4,05; intervalo de confianza [IC] del 95%: 1,57-10,43). Todos los casos se debieron a P. falciparum. Conclusiones La prevalencia de malaria urbana fue baja. Las estrategias para eliminar la malaria en áreas urbanas deben ajustarse considerando el acceso al diagnóstico temprano, la infección asintomática y las PDR utilizadas para detectar la presencia del gen pfhrp2 .