Introducción. La periodontitis es una enfermedad infecciosa que afecta los tejidos de soporte del diente y se asocia con diferentes enfermedades sistémicas, incluida la enfermedad cardiovascular. Los estudios microbiológicos permiten detectar microorganismos a partir de muestras subgingivales y cardiovasculares.Objetivo. Describir la microbiota periodontal cultivable y la presencia de microorganismos en válvulas cardiacas de pacientes sometidos a cirugía de reemplazo valvular en una clínica de Cali.Materiales y métodos. Se analizaron 30 muestras subgingivales y de tejidos valvulares mediante cultivo en medio bifásico, agar de sangre con suplemento y agar tripticasa de soya con antibiótico. Las muestras de las válvulas se analizaron mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR) convencional.Resultados. Los patógenos periodontales aislados de bolsas periodontales fueron Fusobacterium (50 %), Prevotella intermedia/nigrescens (40 %), Campilobacter rectus (40 %), Eikenella corrodens (36,7 %), bacilos entéricos Gram negativos (36,7 %), Porphyromonas gingivalis (33,3 %) y Eubacterium (33,3 %). Los agentes patógenos aislados de la válvula aórtica fueron Propionibacterium acnes (12 %), bacilos entéricos Gram negativos (8 %), Bacteroides merdae (4 %) y Clostridium bifermentans (4 %), y de la válvula mitral, P. acnes y Clostridium beijerinckii. La PCR convencional no arrojó resultados positivos para agentes patógenos orales y solo se detectó ADN bacteriano en dos muestras.Conclusiones. La microbiota periodontal de pacientes sometidos a cirugía de reemplazo valvular estaba conformada por especies Gram negativas que han sido relacionadas con infecciones en tejidos extraorales; sin embargo, no se encontraron agentes patógenos periodontales en los tejidos de las válvulas. Aunque hubo muestras de estos tejidos y subgingivales, positivas para bacilos entéricos Gram negativos, no es posible asegurar que tuvieran el mismo origen filogenético.