A Aphanothece microscopica Nägeli é uma cianobactéria com capacidade de crescer em efluentes provenientes de atividades industriais, explorando seus mecanismos auxiliares como a respiração para remover os nutrientes dos efluentes e gerar bioprodutos com valores agregados. O presente trabalho visa contribuir para a otimização da razão C/N e N/P no efluente de laticínio permitindo avaliar o efeito destes elementos na cinética de crescimento da Aphanothece microscopica Nägeli. Os cultivos da cianobactéria foram conduzidos no efluente de laticínio em um biorreator heterotrófico, sob as condições de concentração celular inicial de 200 mg L-1, pH inicial 7,6, temperatura de 30 ºC, aeração contínua e ausência de luminosidade. Realizou-se um planejamento experimental fatorial (32), com os fatores: C/N (20, 40, e 60) e N/P (5, 10, 15). O ajuste das razões C/N e N/P foi realizado tomando como base as relações DQO/N-NTK e N-NTK/P-PO4-3 previamente determinadas no efluente. A razão C/N foi ajustada com glicose e a N/P com fosfato dissódico. O cultivo da Aphanothece no efluente com as razões C/N 20 e N/P 10, obtiveram os melhores valores cinéticos com concentração celular máxima de 1045 mg. L-1, velocidade máxima específica de crescimento de 0,250 h-1, tempo de geração de 2,77 h e tempo de batelada para atingir a máxima concentração celular de 6h