Desain Primer Spesifik Vektor Dengue Aedes aegypti Berdasarkan DNA Pengkode ITS-1, 5.8S Ribosomal RNA, dan ITS-2

Abstract

Identifikasi spesies vektor demam berdarah dengue (DBD) penting dilakukan untuk program pengontrolan vektor. Penanda DNA Internal Transcribed Spacer (ITS) adalah salah satu penanda DNA yang umumnya digunakan untuk mengidentifikasi satu spesies. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh primer yang potensial dengan hasil spesifik terhadap spesies nyamuk Aedes aegypti berdasarkan sekuen DNA ITS-1, 5.8S ribosomal RNA dan ITS-2. Penelitian ini adalah penelitian deskripsif secara in silico menggunakan Primer3 dan Primer-BLAST serta tahap konfirmasi secara in vitro dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Data sekuen DNA diperoleh dari NCBI dengan nomor aksesi GU980956.1 dan ON652374.1. Hasil desain primer secara in silico diperoleh sebanyak dua pasang primer potensial yaitu primer 1) Left 5’-CATTTGCTAGTCCCTCGGG-3’ Right 5’-CACCACACCACGTCTGAC-3’, dan primer 2) Left 5’-CATTTG CTAGTCCCTCGGG-3’ Right 5’-CATCAACCGCGGTGTGTC-3’. Visualisasi hasil PCR dideteksi menggunakan gel agarosa 1,5% dengan ukuran produk sekitar 800 bp. Simpulan penelitian ini adalah diperoleh dua pasang primer ITS yang potensial untuk mengidentifikasi nyamuk A. aegypti.