A cultura de soja é afetada por uma variedade de doenças que resultam em danos econômicos significativos. O fungo Rhizoctonia solani está entre os fitopatógenos que podem ocasionar danos importantes na cultura, com sintomas de damping-off e queima das folhas. O controle biológico tem se apresentado como alternativa sustentável para o antagonismo de microrganismos patógenos. A bioprospecção de bactérias originadas de ambientes extremos como os manguezais, pode elevar as chances de se buscar isolados com potenciais biotecnológicos elevados, com características exclusivas e pouco estudados. Sendo assim, o objetivo deste trabalho foi isolar microrganismos presentes no solo de manguezais e avaliá-los no controle de R. solani. Amostras de solos do manguezal de Paraty (RJ) e Picinguaba (SP) foram levadas ao laboratório para isolamento dos microrganismos. Inicialmente foi realizado um screening com os isolados in vitro através do confrontamento direto em placa de Petri. Após a seleção, avaliou-se os efeitos dos filtrados bacterianos na inibição micelial do fitopatógeno. Os melhores isolados foram selecionados para ensaios in vivo, nele verificou-se a eficiência dos isolados no controle de R. solani por dois métodos de inoculação: embebimento e revestimento das sementes de soja em solução contendo o caldo de crescimento bacteriano. Dois isolados foram selecionados para teste em casa de vegetação, inoculados em sementes de soja. As identificações moleculares foram realizadas por meio do sequenciamento parcial do gene 16S rRNA. Dentre os 157 microrganismos isolados, apenas cinco foram selecionados para o ensaio in vivo, por apresentarem altos níveis de inibição do fungo patógeno em baixas concentrações. O método de aplicação in vivo utilizando sementes embebidas, demonstrou melhores resultados, causando a diminuição da severidade da doença em comparação com as sementes revestidas. Em casa de vegetação, o isolado B. cepacia PR10 controlou com maior efetividade os sintomas do fitopatógeno, além de apresentar estímulo positivo no desenvolvimento vegetal de soja. Deste modo, conclui-se que os isolados obtidos através do sedimento de manguezal, pode possuir potencial biotecnológico para o controle de R. solani.