RESUMO Ecossistemas lóticos são ambientes biodiversos que formam diferentes mesohabitats propícios para algumas espécies de crustáceos, como as do gênero Hyalella, endêmico das Américas. No estado de Santa Catarina foi recentemente descrita a primeira espécie insular de Hyalella do Brasil, na ilha de Florianópolis - Hyalella insulae. A espécie foi amostrada no Monumento Natural Municipal da Lagoa do Peri (MONA), no sul da ilha, o qual apresenta um grande manancial de água doce do estado, sendo formado por duas microbacias: Cachoeira Grande e Ribeirão Grande. Este estudo tem por objetivo analisar a distribuição espacial de H. insulae em dois mesohabitats (remanso e corredeira) destas duas microbacias. Exemplares foram amostrados em trechos de remanso e corredeira entre o inverno/2010 e o verão/2012, em três riachos de 1ª a 3ª ordem inseridos nas duas microbacias, totalizando 192 amostras. Foi observado que a maioria das amostras com presença de H. insulae ocorreram na microbacia do Cachoeira Grande. A abundância total média de H. insulae foi superior nos trechos de remanso dos riachos do Cachoeira Grande quando comparado ao Ribeirão Grande. Nos riachos de ambas microbacias, além de machos e fêmeas, juvenis foram coletados, o que demonstra que a espécie está se reproduzindo nestes riachos. Além disto, foi observada maior concentração de oxigênio dissolvido e menores valores de temperatura da água, velocidade da água, condutividade elétrica e alcalinidade no Cachoeira Grande. Este estudo demonstrou a preferência de H. insulae por trechos de remanso de riachos do Cachoeira Grande, o qual apresenta vegetação primária e densa ao contrário do Ribeirão Grande, no qual observa-se áreas com vegetação secundária e indícios de ações antrópicas no entorno. Dessa forma, esta pesquisa demonstra a importância de estudos quanto à distribuição de espécies endêmicas, bem como a conservação e preservação de riachos insulares e de sua biota.