El periodo que comienza en 1940 es crucial para la creación del moderno sistema de salud de México. El Instituto de Salubridad y Enfermedades Tropicales es la institución pionera en investigación en salud y en sus primeras dos décadas logra madurez y consolida líneas de investigación expresadas en casi 1700 publicaciones. También obtiene notoria visibilidad internacional y fue seleccionado como referencia regional para la vigilancia epidemiológica de influenza, estreptococo y salmonela. Su evolución se produjo con ritmo de innovación que iría disminuyendo para el final de ese periodo. Enfrentó limitaciones para renovar líneas de trabajo, investigadores y equipo de laboratorio, sin embargo, su papel en las decisiones de la salud pública del país siguió siendo central.