RESUMO A modelagem hidrológica é uma das principais ferramentas de apoio à gestão dos recursos hídricos. Entretanto, vários fatores dificultam a extrapolação dos parâmetros estimados em bacias com grandes áreas de contribuição para bacias de pequena dimensão. O objetivo deste trabalho foi analisar as incertezas na simulação de vazões em bacias de pequena dimensão. O processo metodológico envolveu a aplicação do modelo de simulação hidrológica Soil and Water Assesssment Tool (SWAT) à bacia representativa do ribeirão Concórdia (30,74 km 2) e à bacia do rio Itajaí (15.000 km2). Primeiramente, comparou-se 6 cenários distintos de discretização das unidades de respostas hidrológicas (HRUs) na calibração e validação da bacia hidrográfica do ribeirão Concórdia, avaliando-se a influência do número de HRU na simulação de pequena bacia hidrográfica. Em seguida, calibrou-se os parâmetros do modelo para a bacia do rio Itajaí, em 12 estações fluviométricas. Posteriormente, determinou-se uma tendência de variação dos parâmetros calibrados através da formulação de equações de regressão. Estas equações foram elaboradas a partir da correlação entre os índices físicos de cada estação fluviométrica considerada e seus valores. No presente estudo, a discretização das HRUs indicou que não há necessidade de aumentar o número de HRU quando o objetivo a ser alcançado é representar os picos do fluxo de água na pequena bacia hidrográfica. Os resultados obtidos com a aplicação das equações de regressão demonstraram que o coeficiente de compacidade (kC) pode gerar até 42,1% de variação na vazão média e 82,7% na Q95 das sub-bacias. Portanto, a utilização das equações de regressão pode auxiliar na redução das incertezas geradas durante a calibração dos parâmetros.