O sucesso da terapia endodôntica depende da limpeza, anti-sepsia, escultura e obturação hermética dos canais radiculares, no entanto, o preparo biomecânico não gera redução microbiana suficiente na totalidade dos casos. Devido à inconfiabilidade inerente ao tratamento, parte dos casos ainda resulta em insucesso. As pastas de hidróxido de cálcio vêm sendo empregadas com a finalidade de ampliar a eficiência anti-séptica do tratamento dos canais radiculares além de estimular a recuperação dos tecidos afetados pela infecção endodôntica. O digluconato de clorexidina tem sido empregado na endodontia devido ao amplo espectro de ação principalmente contra "Enterococcus faecalis" e "Candida albicans" e vem sendo adicionado às pastas de hidróxido de cálcio uma vez que as virtudes de um complementam as deficiências do outro. No entanto, devido à estrutura molecular da clorexidina e aos níveis elevados de pH promovidos pelo hidróxido de cálcio, há indícios de risco sistêmico na sua utilização por causa da provável decomposição da clorexidina em radicais livres e para-cloroanilina que está classificada como possível agente carcinogênico em humanos pela IARC. O presente estudo teve como objetivo investigar quimicamente, por meio da Espectrometria de Massas (ESI-TOF-MS) e Cromatografia Líquida (HPLC), a solução de digluconato de clorexidina a 0,2% isolada ou misturada ao hidróxido de cálcio. As análises foram realizadas logo em seguida ao preparo das amostras e após os períodos de 7 e 14 dias de armazenamento à temperatura de 36,5 ºC. Constatou-se que a solução de digluconato de clorexidina isolada foi decomposta em diferentes subprodutos, inclusive em para-cloroanilina oferecendo riscos sistêmicos. Em contato com o hidróxido de cálcio, a decomposição da clorexidina é total com formação de diferentes compostos. Apesar de não ter sido demonstrada a presença de para-cloroanilina na pasta medicamentosa, o elevado número de espécies reativas possui alto potencial de dano sobre o material genético das células do paciente afetadas pela medicação intracanal. É imperativo estabelecer vínculos diagnóstico-terapêuticos precisos por meio do desenvolvimento de protocolos clínicos que restrinjam o uso dessas medicações intracanais a quadros clínicos com infecção endodôntica disseminada e periodontites apicais persistentes. É necessário desenvolver estratégias mais eficientes que utilizem processos biomecânicos de maior eficácia e medicações intracanais efetivas que não ofereçam riscos locais e sistêmicos para que se contemplem os objetivos do tratamento dos canais radiculares com previsibilidade e segurança. Palavras-chave: Hidróxido de cálcio. Clorexidina. Medicação intracanal. Espectrometria de massas. Cromatografia líqüida.