La desnutrición crónica infantil es un problema de salud pública que afecta gravemente el desarrollo físico y cognitivo de los niños, y se ha observado una preocupante prevalencia de este problema. El propósito de esta investigación consistió en determinar factores asociados a la prevalencia de desnutrición crónica infantil en menores de 24 meses en un Centro de Salud ecuatoriano. Se llevó a cabo un estudio observacional, retrospectivo, analítico y de cohorte transversal, empleando una muestra aleatoria de 267 niños que asistieron a la consulta externa de la institución donde se llevó a cabo el trabajo. A estos niños, se les aplicaron las fichas de valoración durante sus controles de niño sano de manera habitual. Tanto las madres como el personal médico participaron activamente en entrevistas a profundidad, previamente validadas y fiabilizadas, para luego corroborar sus percepciones sobre la desnutrición infantil. El análisis descriptivo de contenido temático realizado reveló una relación significativa entre varios factores, como la falta de lactancia materna, el bajo nivel educativo de las madres, las dificultades económicas para acceder a alimentos y servicios materno-infantiles. Estos factores indican su importancia y la probabilidad de que un niño experimente desnutrición. Como conclusión, se destaca que la desnutrición crónica en niños no solo está ligada a factores económicos, como comúnmente se podría suponer, sino que también guarda relación con aspectos biológicos, ambientales e institucionales.