Provas baseadas nos princípios de biologia molecular foram introduzidas com grande êxito nos laboratórios clínicos nos últimos anos, o que muito contribuiu para o aperfeiçoamento do diagnóstico de doenças infecciosas e parasitárias. Esse trabalho objetivou avaliar e comparar as dificuldades para implantação de diagnóstico molecular de doenças infecciosas e parasitárias em laboratórios de análises clínicas. Os dados foram coletados no ano de 2010, através de entrevistas com responsáveis técnicos por laboratórios de análises clínicas de duas cidades da região norte do Brasil, Araguaína (Estado do Tocantins) e Marabá (Estado do Pará). Entre os resultados, cita-se a ausência, nos laboratórios visitados, de profissionais habilitados para realizar exames de diagnóstico molecular; ao se questionar quanto à possível lucratividade ao realizar esses exames, mesmo considerando os custos para implantação, a maioria dos entrevistados de Araguaína respondeu que seria um método lucrativo, enquanto que a maioria dos de Marabá respondeu negativamente. Existem consensos como, por exemplo, que a lucratividade depende diretamente da demanda e que a localização geográfica dos municípios pouco interferiria caso existisse o interesse em implantar esse serviço. Concluiu-se que os profissionais atuantes em análises clínicas entrevistados nesse trabalho conhecem, mesmo que superficialmente, diagnóstico molecular e, que existem dúvidas quanto à lucratividade, à disponibilidade de pacientes/clientes para realização desses exames, entre outros fatores. Propõe-se a priorização de estratégias que levem ao aprimoramento das ferramentas moleculares no diagnóstico molecular de doenças infecciosas e parasitárias e, concomitantemente, propiciem a implantação das mesmas na rotina laboratorial nessas regiões. Palavras-chave: Análises clínicas. Diagnóstico molecular. Doenças infecciosas.