El café, en las provincias de San Ignacio y Jaén, de la región Cajamarca, es el cultivo de mayor importancia económica. El objetivo de esta investigación fue identificar los hongos asociados a granos de café pergamino, granos oro verde y granos tostados. De los almacenes de tres empresas exportadoras (Organización Agraria Cafetalera El Diamante, Cooperativa Agraria Cafetalera CASIL LTD y Cooperativa Agraria y de Servicios Unión de Cafetaleros Ecológicos-UNICAFEC). Las muestras fueron probabilísticas de 20 kg de café pergamino. De estas muestras se seleccionaron submuestras de 1.0 kg de café pergamino, 1.0 kg de café oro verde y 1.0 kg de café tostado, para el aislamiento de hongos. Se aislaron los hongos de Aspergillus niger, A. flavus, A. oryzae, A. tamarii, A. fumigatus y Penicillium citrinum. A. niger tuvo mayor incidencia con 76.6 % al 91.2 % en granos de café pergamino y del 80 % al 97 % en granos oro verde. Otras especies aisladas fueron Chaetomium globosum, Neurospora tetrasperma y Rhizopus delemar en porcentajes de 0.0 a 4.2 %, de 0.0 a 3.0 % y de 0.0 a 1.6 %, respectivamente. En granos de café tostado no se desarrollaron hongos.