A espectrometria de massas, técnica de análise química instrumental que analisa íons em fase gasosa, tem aplicação em diversas áreas das ciências farmacêuticas. Com o aumento da aprovação de proteínas terapêuticas pelas agências regulatórias, especialmente anticorpos monoclonais, a espectrometria de massas têm expandido suas aplicações para a determinação de atributos críticos de qualidade dessas moléculas. Além da confirmação da identidade através da determinação da estrutura primária, a técnica, por suas abordagens de preparo de amostras bottom-up ou top-down, tem se mostrado valiosa no fornecimento de outras informações como a detecção de impurezas e proteínas das células hospedeiras produtoras, bem como alterações da proteína de interesse, como oxidações, desamidações, glicosilações e produtos relacionados a micro-heterogeneidade. Esta revisão apresenta os avanços no uso da espectrometria de massas na caracterização estrutural de proteínas na fase de desenvolvimento e em processos de controle de qualidade de produtos farmacêuticos biotecnológicos, com ênfase em anticorpos monoclonais.