Detection and survey of coffee ringspot virus in Brazil

Abstract

Coffee ringspot virus (CoRSV) a member of the proposed genus "Dichorhavirus", was surveyed on commercial and research farms spanning an area responsible for the majority of Coffea arabica production in Brazil. Virus-infected plants were found at one hundred percent of locations (n = 45) sampled. All cultivars, regardless of cherry color, were found to serve as hosts, suggesting that there is limited resistance in commercially employed germplasm. Reverse transcription PCR analysis revealed that the virus is contained within symptomatic lesions, with little systemic spread throughout leaves. Phylogenetic analysis based on the ORF1 (nucleocapsid) gene identified a strong geo-spatial relationship among isolates, which clustered into three clades. Despite low genetic diversity among isolates, variation in symptom expression was observed in the experimental host Chenopodium quinoa. Our analyses support the hypothesis that the spread of CoRSV is constrained by the clonal expansion of thelytokous populations of Brevipalpus phoenicis. The widespread occurrence of this virus suggests that it is much more prevalent than previously thought.

The family Rhabdoviridae: mono- and bipartite negative-sense RNA viruses with diverse genome organization and common evolutionary origins

“…In contrast to OFV, CoRSV has been reported in only two countries, Brazil and Costa Rica (Bittancourt 1938; Chagas et al, 1981; Rodrigues et al, 2002). Whereas phylogenetic analysis of OFV showed little geographical relationship between isolates, genetic variation in CoRSV is largely dependent on the distance between collection sites (Ramalho et al 2016). This suggests that CoRSV-infected plants are not transported across great distances in coffee producing areas (the virus is not seed-transmitted), and that spread may be limited by short-range movement of the mite vectors.…”

Sequenciamento e análise da variabilidade genética de vírus transmitidos por ácaros do gênero <i>Brevipalpus </i>no Brasil

“…Com base na forma e tamanho dos vírions de OFV e outros vírus transmitidos por Brevipalpus spp., esse VTB foi inicialmente agrupado juntamente com os rhabdovirus sem gênero atribuído (WUNNER et al, 1995 (RAMALHO et al, 2015).…”

“…Hoje, o vírus está presente na maioria dos estados brasileiros e na Costa Rica (RODRIGUES et al, 2002;RAMALHO et al, 2014aRAMALHO et al, , 2015 MELZER et al, 2013a;ROY et al, 2013b). O genoma de CiLV-C2 apresenta organização semelhante à do CiLV-C, exceto pela presença de uma longa região 3` não traduzida (3`-UTR) e uma ORF extra no RNA2, que codifica uma proteína putativa de 7 kDa (MELZER et al, 2013a;ROY et al, 2013b).…”

“…Sintomas mais avermelhados são observados em algumas plantas (CHAGAS et al, 2007 (GROSS, 2009;ALMEIDA et al, 2012;BERTRAND et al, 2012;DAVIS et al, 2012;). Modelos de previsão meteorológica sugerem um aumento de 2-4ºC na temperatura média na maioria das regiões produtoras de café no Brasil (GROSS, 2009;BOARI et al, 2011;ZULLO et al, 2011;BERTRAND et al, 2012;RAMALHO et al, 2015). As orquídeas são plantas ornamentais comercializadas em todo mundo, gerando centenas de milhões de dólares anualmente (RAMOS-GONZÁLEZ et al, 2015).…”

“…Em CiLV-C2 e CiLV-C2 Hw a p7 apresenta um domínio transmembrana não observado na proteína codificada pelo CiLV-C. Embora mais evidências sejam necessárias para compreender a evolução dos cilevirus, é possível supor que a região entre a p15-RI é propensa a eventos de recombinação inter e intra cilevirus. Citrus leaf blotch virus (0.021) (RUBIO et al, 2001;VIVES et al, 2002;MARTIN, 2006 GARCÍA-ARENAL et al, 2001;GUTIÉRREZ et al, 2012;RAMALHO et al, 2015 (BASTIANEL et al, 2006;LEÓN et al, 2008;ARENA et al, 2013;GARITA et al, 2013GARITA et al, , 2014. Em consequência, a transmissão do CiLV-C na planta ocorre exclusivamente mediada pelos ácaros virulíferos após a multiplicação em um baixo número relativo de células epidérmicas e do parênquima em torno dos locais de alimentação do ácaro (GARITA et al, 2013).…”