Detection of carbapenemases in Enterobacteriaceae: a challenge for diagnostic microbiological laboratories

Abstract

Carbapenemase-producing bacteria have now spread all over the world. Infections caused by those bacteria are difficult to treat. Therefore, there is an urgent need for accurate and fast detection of carbapenemases in diagnostic laboratories. In this review, we summarize screening methods for suspected isolates, direct assays for confirmation of carbapenemase activity (e.g. the Carba NP test and matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry carbapenem hydrolysis assay), inhibitor-based methods for carbapenemase classification, and molecular-genetic techniques for precise identification of carbapenemase genes. We also propose a workflow for carbapenemase identification in diagnostic laboratories.

Comparison of the Modified Hodge Test and the Carba NP Test for Detection of Carbapenemases in Enterobacteriaceae Isolates

“…Karbapenemaz genlerinin moleküler yöntemlerle saptanması altın standart olmakla birlikte, her laboratuvarda uygulanamaması, maliyetinin yüksek olması ve yeni karbapenemaz genlerinin saptanamaması gibi nedenlerden dolayı fenotipik yöntemler geliş-tirilmiştir [20][21][22] . Karbapenemazların fenotipik yöntemler ile saptanması ise; enzimin tipine, karbapenemaz enzimi bulunan bakteri türüne, enzimi kodlayan genin ekspresyon düzeyine, karbapenemazlar dışında geçirgenlik azalması ve/veya atım pompası ve/veya AmpC ve GSBL'ler gibi diğer direnç mekanizmalarının varlığına bağlı olarak değiştiğin-den oldukça zordur 3,5 .…”

“…Çalışmamızda testin özgüllüğü %60.3 gibi düşük bir oranda bulunmuştur. GSBL (özellikle CTX-M tipi) veya AmpC betalaktamazların azalmış geçirgenlik ile birlikteliğinin, MHT'de yalancı pozitifl iklere neden olabildiği bildirilmiştir 3,5,[20][21][22][23]25 . Ülkemizde GSBL enzimleri yaygın olup, en sık CTX-M tipi enzimler saptanmaktadır 26 .…”

Prevalence of ESBL Producing Escherichia coli and Klebsiella Species among Clinical Isolates and their in vitro Antimicrobial Susceptibility Pattern in a Tertiary Care Hospital

“…The studies which are listed in Table 5 conducted in wide geographical areas of India by various authors, from the past 12 years reported a widely varied prevalence ranging from 10.10% to 87%. [7][8][9][10][11][12][13][14][15][16][17][18][19] Major risk factors for colonization or infection with ESBL producing organisms are long term antibiotic exposure, prolonged ICU stay, nursing home residency, severe illness, residence in an institution with high rates of Ceftazidime and other 3-GC use and instrumentation or catherization. 4 Though ESBLs are quite prevalent in Indian hospitals and community, they are not routinely tested by diagnostic Microbiology laboratories.…”

Comparación de la prueba tridimensional con PCR múltiple, para detección de carbapenemasas

“…17 En los últimos años la atención se ha centrado en las pruebas de hidrólisis de carbapenémicos tales como Carba NP y su versión comercial más reciente: Rapidec Carba NP TM (bioMérieux Clinical Diagnostics -Marcy L´Etoile France), cuyos resultados dependientes del cambio de color de la reacción, pueden generar dificultades en la interpretación, además se han reportado limitaciones para detección de enzimas tipo OXA y GES. 21 El mayor potencial para pruebas como THT puede estar en la detección de carbapenemasas en BGNNF. Este tipo de bacterias representan una creciente amenaza en la región, en especial Acinetobacter baumannii y Pseudomonas aeruginosa.…”