Detection of low prevalence somatic mutations in solid tumors with ultra-deep targeted sequencing

Harismendy, Olivier; Schwab, Richard B.; Bao, Lei; Olson, Jeff; Rozenzhak, Sophie; Kotsopoulos, Steve K.; Pond, Stephanie J. K.; Crain, Brian; Chee, Mark S.; Messer, Karen; Link, Darren R.; Frazer, Kelly A.

doi:10.1186/gb-2011-12-12-r124

Cited by 84 publications

(70 citation statements)

References 30 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…1, data from mixture experiments A (SRR385938), B (SRR385939), C (SRR385940) and D (SRR385941) from Harismendy et al 12 were downloaded from the NCBI short read archive. Each dataset was generated by physically mixing DNA from four tissue samples from the 1000 genomes project in different proportions.…”

Section: Normal Tissue Mixture Experimentsmentioning

confidence: 99%

See 1 more Smart Citation

PyClone: statistical inference of clonal population structure in cancer

Roth

Khattra²,

Yap³

et al. 2014

Nat Methods

903

1,052

View full text Add to dashboard Cite

We introduce a novel statistical method, PyClone, for inference of clonal population structures in cancers. PyClone is a Bayesian clustering method for grouping sets of deeply sequenced somatic mutations into putative clonal clusters while estimating their cellular prevalences and accounting for allelic imbalances introduced by segmental copy number changes and normal cell contamination. Single cell sequencing validation demonstrates that PyClone infers accurate clustering of mutations that co-occur in individual cells.Human cancer progresses under Darwinian evolution where (epi)genetic variation alters molecular phenotypes in individual cells 1 . Consequently, tumours at diagnosis often consist of multiple, genotypically distinct cell populations ( Supplementary Fig. 1) 2 . These populations, referred to as clones, are related through a phylogeny and act as substrates for selection in tumour micro-environments or with therapeutic intervention 2, 3 . The prevalence of a particular clone measured over time or in anatomic space is a reflection of its growth and proliferative fitness. Thus, ascertaining the dynamic prevalence of clones can identify precise genetic determinants of phenotypes such as acquisition of metastatic potential or chemotherapeutic resistance.In this contribution, we provide a statistical model for analysis of deeply sequenced (coverage >1000x) mutations to identify and quantify clonal populations in tumours, which extends to modelling mutations measured in multiple samples from the same patient. Our approach uses the measurement of allelic prevalence to estimate the proportion of tumour ♣

show abstract

Section: Normal Tissue Mixture Experimentsmentioning

confidence: 99%

“…Primer start and stop positions for the UDT-Seq protocol were obtained from Supplemental Table 2 of Harismendy et al 12 . We downloaded hg19 from UCSC website and used primer positions to build a targeted reference alignment file which contained only the regions spanned by the primers.…”

Section: Normal Tissue Mixture Experimentsmentioning

confidence: 99%

PyClone: statistical inference of clonal population structure in cancer

Roth

Khattra²,

Yap³

et al. 2014

Nat Methods

903

1,052

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…20 α-Galactosidase A activity evaluation by tandem mass spectrometry Enzyme analysis was performed as previously described. 20 GLA gene analysis GLA gene variants were searched for in pooled DNA using massively parallel sequencing 21 or in individual genomic DNA samples using the Illumina MiSeq platform (Illumina, Inc.; San Diego, CA). Briefly, the SmartChip MyDesign TE system (WaferGen Bio-systems, Inc., Fremont, CA) was designed to enrich multiple samples for multiple resequencing targets simultaneously using a 4-polymerase chain reaction primer amplification strategy.…”

Section: Urinary Gb 3 Analysis By Mass Spectrometrymentioning

confidence: 99%

Low frequency of Fabry disease in patients with common heart disease

Schiffmann

Swift

McNeill

et al. 2018

Genetics in Medicine

View full text Add to dashboard Cite

Purpose: To test the hypothesis that undiagnosed patients with Fabry disease exist among patients affected by common heart disease.Methods: Globotriaosylceramide in random whole urine using tandem mass spectroscopy, α-galactosidase A activity in dried blood spots, and next-generation sequencing of pooled or individual genomic DNA samples supplemented by Sanger sequencing.Results: We tested 2,256 consecutive patients: 852 women (median age 65 years (19-95)) and 1,404 men (median age 65 years (21-92)). The primary diagnoses were coronary artery disease (n = 994), arrhythmia (n = 607), cardiomyopathy (n = 138), and valvular disease (n = 568). Urinary globotriaosylceramide was elevated in 15% of patients and 15 males had low α-galactosidase A activity. GLA variants found included R118C (n = 2), D83N, and D313Y (n = 7);

show abstract

“…Ved universitetet i California, San Diego, har de etablert en analyse der 42 kreftgener sekvenseres «ultradypt», dvs. at hver base i disse genene ble sekvensert i gjennomsnitt 24 000 ganger, for å finne mutasjoner som er til stede i bare en ytterst liten andel av kreftcellene, men som kan vaere den del av svulsten som gir resistens og tilbakefall (17).…”

Section: Strategier I Internasjonale Prosjekterunclassified

Genomsekvensering for persontilpasset kreftbehandling

Skotheim¹,

Meza‐Zepeda²,

Hovig³

et al. 2012

Tidsskriftet

View full text Add to dashboard Cite

Persontilpasset kreftmedisin basert på svulstens mutasjonsprofil er på vei inn i den kliniske hverdagen. Ny DNA-sekvenseringsteknologi kan brukes til å teste kreftprøver for mutasjoner i ethvert gen av klinisk betydning, og på litt lengre sikt gir dette muligheter for individualisering av behandling vi tidligere knapt har kunnet drømme om. Det er grunn til å tro at kreftbehandlingen vil se helt annerledes ut om få år. Utvikling av en rekke nye legemidler rettet mot spesifikke molekylaere signalveier, og påvisning av mutasjoner i disse med genomsekvensering, gir nye muligheter. Men dette er komplisert, siden behandlingseffekten ofte påvirkes av defekter i mange gener og cellulaere signalveier. Molekylaerbiologiens rolle i kreftforskningenEt av de viktigste resultatene av det humane genomprosjektet var utviklingen av nye DNA-sekvenseringsteknologier (1). De lave sekvenseringskostnadene gir nå helt nye anvendelsesområder. Nå kan vi raskt finne hvilke DNA-endringer som forekommer i den enkelte kreftsvulst. Disse mutasjonene er av flere typer, fra enkeltbaseforandringer til delesjoner, insersjoner eller oppkopiering av større segmenter, eller fusjoner mellom to gener fra forskjellige kromosomområder (2). Utfordringene ligger ikke lenger bare i å identifisere avvikene, men å skille ut dem som driver sykdomsprosessen fra de tilfeldige avvik, eller «støy». Ved å kombinere innsikt i de underliggende molekylaere prosesser, ikke bare innenfor en og samme kreftsykdom, men på tvers av sykdommer, oppstår nye muligheter for bedre tilpasset behandling av kreftpasienten. Spesielt viktig er det å ha tilgang til biobanker der man i tillegg til svulstvev har informasjon om hvorledes den enkelte svulst responderte på definerte behandlingsregimer, om svulsten ga metastaser, samt hvorvidt pasienten ble kurert. Ved å sammenholde biologiske funn med kliniske utfall kan vi på denne måten identifisere hvilke fellesnevnere som ga for eksempel resistens mot cytostatika. Persontilpasset kreftbehandling Eksisterende målrettede legemidlerDet første genetiske avviket i kreft ble beskrevet i 1960 og var en kromosomforandring i kronisk myelogen leukemi (KML) (3). Det ble senere vist at dette var resultatet av en translokasjon mellom kromosomene 9 og 22, t(9; 22)(q34; q11) som fusjonerte genene BCR og ABL1 (4). Flere tiår senere ble molekylaer målrettet terapi introdusert i kreftbehandling. Pasienter med kronisk myelogen leukemi med den spesielle kromosomforandringen, t(9; 22), responderer på imatinib (5), som virker spesifikt mot kinaseaktiviteten til fusjonsproteinet.Det er siden vist at dette legemidlet også virker på andre typer kreft der denne eller beslektede kinaser er mutert (6), og vi har også flere gode eksempler på mutasjoner som er avgjørende for respons på spesielle typer kreftmedisiner. Lungekreftpasienter med mutert reseptor for epidermal vekstfaktor (EGFR) i kreftcellene responderer på medikamentet gefitinib, og de med det nyoppdagede ALK-fusjonsgenet ser ut til å respondere på ALK-hemmere (7). Melanompasienter med enkeltbasemutasj...

show abstract

Detection of low prevalence somatic mutations in solid tumors with ultra-deep targeted sequencing

Cited by 84 publications

References 30 publications

PyClone: statistical inference of clonal population structure in cancer

PyClone: statistical inference of clonal population structure in cancer

Low frequency of Fabry disease in patients with common heart disease

Genomsekvensering for persontilpasset kreftbehandling

Contact Info

Product

Resources

About