O presente estudo objetivou descrever as lesões pulmonares macro e microscópicas associadas ao parasitismo por Sebekia oxycephala em 100 espécimes de jacarés-açu (Melanosuchusniger), abatidos na Reserva de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá, situada no Estado do Amazonas, Brasil. Durante a avaliação macroscópica, exemplares dos parasitos encontrados no tecido pulmonar foram coletados individualmente em AFA (Álcool etílico - Formalina - Ácido acético glacial) e formol a 5% para avaliação parasitológica e classificação taxonômica. Amostras de tecido pulmonar de todos os animais, independentemente da ocorrência de lesões macroscópicas, foram fixadas em formol 10% e incluídas em parafina. Secções histológicas coradas por Hematoxilina-Eosina destas amostras foram avaliadas por meio de microscopia óptica. Macroscopicamente, 4 dos 100 animais (4%) apresentaram espécimes de pentastomídeos no parênquima pulmonar. Os parasitos foram classificados taxonomicamente como pertencentes à espécie Sebekia oxycephala. Nenhuma alteração macroscópicas foi observada, porém, microscopicamente, lesões pulmonares foram encontradas em 37% dos casos, sendo que, lesões inflamatórias associadas ao parasitismo corresponderam a 75,6% dos mesmos (28/37). Nestes, segmentos degenerados e ovos de S. oxycephala encontravam-se envolvidos por cápsula de tecido conjuntivo fibroso e infiltrado inflamatório predominantemente composto por células gigantes do tipo corpo estranho. Três espécimes apresentaram espessamento de septos alveolares e sete exemplares continham infiltrado inflamatório granulocítico multifocal no parênquima pulmonar. As lesões associadas ao parasitismo, de modo geral, apresentaram intensidade discreta e parecem não representar uma causa importante de doença pulmonar entre a população estudada. Esta é a primeira descrição de lesões pulmonares em M. niger associadas ao parasitismo por S. oxycephala na Amazônia brasileira.