En la actualidad, los sistemas de producción de café (Coffea arábica L.) han ido cambiando constantemente, dando lugar a plantaciones que contribuyen a mitigar el cambio climático mediante la captura de carbono. La investigación permitió estimar el carbono almacenado en la biomasa aérea y bajo el suelo en cuatro sistemas productivos de café de cuatro años de edad, en el ecotopo 221A, municipio de Consacá, Nariño; bajo un diseño de bloques completos al azar (DBCA). Los bloques corresponden a tres rangos altitudinales: I (>1800), II (1800-1600) y III (<1600 msnm); y los tratamientos a: café a libre exposición (T1), café-limón (T2), café-guamo (T3) y café-carbonero (T4). Para determinar el carbono almacenado se emplearon ecuaciones alométricas de cada especie; los resultados evidenciaron alto almacenamiento de carbono en el rango >1800 msnm (109,81 t.ha-1 ) y bajo en el rango <1600 msnm (42,39 t.ha-1 ); por otra parte, los resultados no mostraron diferencias estadísticas significativas en los sistemas, sin embargo, se cuantificó el mayor almacenamiento de carbono en T4 (74,82 t.ha-1 ) y el valor más bajo en T3 (56,56 t.ha-1 ). Lo anterior, indica que la captura de carbono es mayor en sistemas de café asociados con especies leñosas en alturas superiores a 1800 msnm.