Development of real-time PCR assays for the detection of Atlantic cod (Gadus morhua), Atlantic salmon (Salmo salar) and European plaice (Pleuronectes platessa) in complex food samples

Hird, Heather; Chisholm, James; Kaye, Joy; Colyer, Alison; Hold, Georgina L.; Conyers, C.; Núñez, Jaione Irazu; Macarthur, Roy

doi:10.1007/s00217-011-1596-4

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“…From this point of view, molecular DNA-based techniques are the most suitable option as an alternative to morphological analysis. Different genetic authentication techniques based on DNA have been proposed during the past decades for gadoid identification: polymerase chain reaction (PCR), , PCR–restriction fragment length polymorphism (RFLP), , real-time PCR, ,− forensically informative nucleotide sequencing (FINS), single-stranded conformation polymorphism analysis (SSCP), and single-nucleotide polymorphism (SNPs) …”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Identification of Atlantic Cod (Gadus morhua), Ling (Molva molva), and Alaska Pollock (Gadus chalcogrammus) by PCR–ELISA Using Duplex PCR

Taboada

Sánchez

Velasco

et al. 2014

J. Agric. Food Chem.

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Species-specific PCR-ELISA assays for the identification of Atlantic cod (Gadus morhua), Alaska pollock (Gadus chalcogrammus), and ling (Molva molva) in food products have been developed. The method, comprising a set of primers common to the first two species, a set of primers for M. molva, and a probe for each species, was designed using ND4 and cytochrome b genes as molecular markers. The sensitivity and selectivity were then determined for each assay. These assays were afterward used to analyze DNA extracted from commercial fish products. The presence of the target species was successfully detected in all analyzed samples, demonstrating the applicability of this method to the analysis of food products.

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Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Identification of Atlantic Cod (Gadus morhua), Ling (Molva molva), and Alaska Pollock (Gadus chalcogrammus) by PCR–ELISA Using Duplex PCR

Taboada

Sánchez

Velasco

et al. 2014

J. Agric. Food Chem.

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“…Mesmo que poucos trabalhos demonstrem a utilização da PCR para detecção de espécies de salmão em sushis e afins, alguns autores comprovaram a eficiência dessa técnica para a identificação do pescado (Carrera et al, 1999;Hellberg et al, 2010;Dalvin et al, 2010;Herrero et al, 2011;Hird et al, 2012). Hellberg et al (2010) propuseram uma PCR multiplex para a identificação de espécies de salmão e truta comerciais e demonstraram que a metodologia desenvolvida foi sensível na identificação da espécie-alvo, mostrando êxito na diferenciação das espécies.…”

Section: Arq Bras Med Vet Zootecunclassified

“…Já Herrero et al (2011) sugeriram o uso de uma qPCR para a autenticação de Salmo salar e apontaram que ela pode ser uma alternativa para a análise de várias apresentações do pescado (resfriado, congelado, entre outros), concluindo que a técnica é adequada para a detecção de substituições da espécie. Ainda, Carrera et al (1999) e Hird et al (2012) reforçam os dados acima expostos, sugerindo a utilização da referida técnica para a identificação de espécies de peixe que são utilizadas na troca do salmão. Um avanço em uma PCR tradicional foi proposto por Dalvin et al (2010), visando à identificação de pequenos fragmentos de DNA em tecidos severamente degradados de salmãodo-atlântico (Salmo salar) e truta arco-íris (Oncorhynchus mykiss), e os autores concluíram que a técnica pode ser aplicada com sucesso para esse propósito.…”

Section: Arq Bras Med Vet Zootecunclassified

“…Para tal, ferramentas genéticas de identificação do DNA, como a PCR, vêm sendo estudadas e recomendadas, devido a sua rapidez e eficiência, tornando possível a identificação de espécies em diferentes produtos alimentares (Darwish et al, 2009;Chen et al, 2012;Silva et al, 2015). Porém, embora alguns autores tenham buscado identificar as espécies de salmão em produtos alimentícios (Carrera et al, 1999;Carrera et al, 2000;Hellberg et al, 2010;Herrero et al, 2011;Hird et al, 2012), poucos artigos analisaram a presença de substituição do pescado utilizado em sushis ou outros alimentos da culinária tipo japonesa.…”

Section: Introductionunclassified

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Padronização de uma PCR para a autenticação do Salmo salar em pratos da culinária japonesa

Gonçalves

Barros

Pessoa

et al. 2019

Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.

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RESUMO O objetivo deste trabalho foi padronizar uma PCR para a detecção do Salmo salar, a qual possa ser usada na autenticação do salmão utilizado em pratos da culinária japonesa e do pescado comercializado in natura. Para isso, dois lotes de sushi foram produzidos experimentalmente. Além disso, foram visitados 38 estabelecimentos que comercializam comida japonesa e 10 peixarias na região metropolitana de Belém, visando à coleta do sushi, do temaki e do pescado pertencente à espécie Salmo salar. Os dados demonstraram que a técnica foi eficiente para a autenticação de Salmo salar, visto que a espécie foi detectada tanto nas amostras de sushis preparados experimentalmente quanto nas alíquotas de pescados isolados, utilizados para a preparação do sushi. Em contrapartida, a espécie Salmo trutta não foi detectada nas amostras de sushis preparados com esta espécie nem nas alíquotas de pescado isolado. Além disso, foi possível a confirmação da utilização da espécie Salmo salar no preparo das amostras de sushi, temaki e de pescado. Portanto, concluiu-se que a técnica foi capaz de amplificar o DNA da referida espécie e não gerou identificação inespecífica quando a espécie Salmo trutta foi analisada, podendo ser uma ferramenta adequada para a autenticação do Salmo salar.

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“…Of these, real-time quantitative polymerase chain reaction (qPCR) testing is the most outstanding representative [15]. Accumulating studies have exploited the qPCR method for the qualitative and quantitative detection of fish adulteration, including the rapid identification of Atlantic salmon, Atlantic cod (Gadus morhua), and European plaice (Pleuronectes platessa) [16], as well as the accurate quantification of two closely related tuna species (Thunnus obesus and Thunnus albacares) in a binary mix in tuna cans [17]. The qPCR method can quantify the copy numbers of target DNA by the use of a standard curve based on cycle threshold (Ct) values, which are strongly affected by the amplification efficiency and the purity of the DNA template [18].…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

A Droplet Digital PCR-Based Approach for Quantitative Analysis of the Adulteration of Atlantic Salmon with Rainbow Trout

Ma,

Shao,

et al. 2023

Foods

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Low-cost fish species are often used to adulterate or substitute for Atlantic salmon products, posing a serious threat to market order and public health. Hence, reliable techniques are urgently needed to detect Atlantic salmon adulteration. In this study, a precise method for identifying and quantifying adulterated Atlantic salmon with rainbow trout based on droplet digital PCR (ddPCR) testing was developed. Species-specific primers and probes were designed targeting the single-copy nuclear gene myoglobin of two salmonids. A quantitative formula for calculating the mass fraction of adulterated Atlantic salmon with rainbow trout was established based on a one-step conversion strategy, in which the DNA copy number ratios were directly transformed to meat mass fractions by introducing a fixed constant (the transfer coefficient). The dynamic range of the established ddPCR method was from 1% to 90%, with a limit of detection (LOD) of 0.2% and a limit of quantification (LOQ) of 0.8% for rainbow trout in Atlantic salmon, respectively. The quantification method demonstrated an acceptable level of repeatability and reproducibility, as the values of the relative standard deviation (RSD) for the tested meat mixtures with the known fractions were all less than 5%. Thermal and freezing treatments, as well as adding food additives within the recommended dosage limits, had no significant effect on the quantification accuracy. The method was successfully applied to detect rainbow trout adulteration in commercial raw and processed Atlantic salmon products. In comparison to real-time quantitative PCR (qPCR) testing, the established ddPCR method exhibited a higher level of stability and accuracy. Overall, the ddPCR-based quantitative method exhibited high levels of accuracy, stability, sensitivity, and practicability, suitable for applications in the routine surveillance and quality assurance of salmon products.

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Development of real-time PCR assays for the detection of Atlantic cod (Gadus morhua), Atlantic salmon (Salmo salar) and European plaice (Pleuronectes platessa) in complex food samples

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