Diferenciación de especies de Rhodococcusmediante una prueba de PCR-RFLP basada en los genes codificantes para la subunidad 16S ribosomal

Abstract

Dada la dificultad en diferenciar las especies de Rhodococcus por pruebas bioquímicas, se desarrolló una prueba de Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR), seguida de un ensayo de Polimorfismo de Longitud de Fragmentos de Restricción (PCR-RFLP) para la diferenciación de las mismas. R. equi, R. rhodnii y otras bacterias fueron cultivadas en agar sangre y BHI a 37 y 26 °C. El ADN bacteriano fue extraído y amplificado con los iniciadores descritos por Hypsa y Dale. Los productos de amplificación fueron sometidos a digestión con diversas enzimas de restricción y los patrones de restricción obtenidos fueron confirmados mediante análisis in silico. Se obtuvo el fragmento de amplificación esperado de 1300 pb en todas las bacterias analizadas. Se pudo diferenciar R. equi de R. rhodnii con las endonucleasas PstI y HindIII y con respecto a otras bacterias con PstI, HindIII, SstI, BamHI y EcoRI. Los patrones de restricción obtenidos fueron confirmados mediante análisis in silico. La prueba PCR-RFLP constituye una alternativa para la diferenciación entre especies de Rhodococcus tales como R. equi y R. rhodnii.

Identifying triatomine symbiont Rhodococcus rhodnii as intestinal bacteria from Rhodnius ecuadoriensis (Hemiptera: Reduviidae) laboratory insects

“…To confirm the identification of the other samples, a polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) assay based on the 16S rRNA-encoding gene was performed (Pavía et al, 2005;Rodríguez et al, 2007). The obtained sequences were compared with those reported in the GenBank database using the BLAST-N tool.…”