Discovery of novel antimicrobial peptides with unusual cysteine motifs in dandelion Taraxacum officinale Wigg. flowers

Astafieva, A.A.; Рогожин, Е. А.; Одинцова, Т. И.; Khadeeva, Natalia V.; Grishin, Eugene V.; Egorov, Ts. A.

doi:10.1016/j.peptides.2012.05.009

Cited by 56 publications

(27 citation statements)

References 49 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Although evolutionarily ancient, the wide range of plant AMPs is poorly understood regarding the structural, biological and functional properties, distribution profile in the source organisms and tissue expression profile [23]. HEV-CANN has shown to be a member of the constitutive defense in bell pepper leaves, which is valuable for the study and application if compared with induced AMPs.…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

“…Hevein-like peptides have recently attracted interest of scientists, with a large number of reports in the last five years, such as the identification of Hevein-like domains containing 10 Cys in wheat [22]; the differential Cys-distribution in Hevein-like in Taraxacum officinale [23]; the study of genes encoding Hevein-like in wheat [24]; the inhibition of fungal metalloproteinase by Hevein-like from wheat [25]; in silico studies to identify novel precursors of Hevein-like [26]; and studies of networks of interaction involving plant AMPs, not only Hevein-like [27]. …”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

See 1 more Smart Citation

Computer aided identification of a Hevein-like antimicrobial peptide of bell pepper leaves for biotechnological use

et al. 2016

View full text Add to dashboard Cite

BackgroundAntimicrobial peptides from plants present mechanisms of action that are different from those of conventional defense agents. They are under-explored but have a potential as commercial antimicrobials. Bell pepper leaves (‘Magali R’) are discarded after harvesting the fruit and are sources of bioactive peptides. This work reports the isolation by peptidomics tools, and the identification and partially characterization by computational tools of an antimicrobial peptide from bell pepper leaves, and evidences the usefulness of records and the in silico analysis for the study of plant peptides aiming biotechnological uses.ResultsAqueous extracts from leaves were enriched in peptide by salt fractionation and ultrafiltration. An antimicrobial peptide was isolated by tandem chromatographic procedures. Mass spectrometry, automated peptide sequencing and bioinformatics tools were used alternately for identification and partial characterization of the Hevein-like peptide, named HEV-CANN. The computational tools that assisted to the identification of the peptide included BlastP, PSI-Blast, ClustalOmega, PeptideCutter, and ProtParam; conventional protein databases (DB) as Mascot, Protein-DB, GenBank-DB, RefSeq, Swiss-Prot, and UniProtKB; specific for peptides DB as Amper, APD2, CAMP, LAMPs, and PhytAMP; other tools included in ExPASy for Proteomics; The Bioactive Peptide Databases, and The Pepper Genome Database. The HEV-CANN sequence presented 40 amino acid residues, 4258.8 Da, theoretical pI-value of 8.78, and four disulfide bonds. It was stable, and it has inhibited the growth of phytopathogenic bacteria and a fungus. HEV-CANN presented a chitin-binding domain in their sequence. There was a high identity and a positive alignment of HEV-CANN sequence in various databases, but there was not a complete identity, suggesting that HEV-CANN may be produced by ribosomal synthesis, which is in accordance with its constitutive nature.ConclusionsComputational tools for proteomics and databases are not adjusted for short sequences, which hampered HEV-CANN identification. The adjustment of statistical tests in large databases for proteins is an alternative to promote the significant identification of peptides. The development of specific DB for plant antimicrobial peptides, with information about peptide sequences, functional genomic data, structural motifs and domains of molecules, functional domains, and peptide-biomolecule interactions are valuable and necessary.Electronic supplementary materialThe online version of this article (doi:10.1186/s12864-016-3332-8) contains supplementary material, which is available to authorized users.

show abstract

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Computer aided identification of a Hevein-like antimicrobial peptide of bell pepper leaves for biotechnological use

et al. 2016

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Dwa białka hamowały wzrost Botrytis cinerea, tylko jedno spośród wyizolowanych hamowało wzrost Bipolaris sorokiniana, Pythium debaryanum, Fusarium oxysporum. Jedynie wobec Fusarium graminearum nie zaobserwowano hamującego działania wyizolowanych peptydów (Astafieva i in., 2012).…”

Section: Oseni I Yussif (2012) Oraz Ghaima I In (2013) Analizowali Wunclassified

Dandelion (Taraxacum officinale) – potential health benefits

Lis

Grabek-Lejko

2016

Nauka Przyr. Technol.

View full text Add to dashboard Cite

MNISZEK LEKARSKI (TARAXACUM OFFICINALE) -POTENCJALNE WŁAŚCIWOŚCI PROZDROWOTNE DANDELION (TARAXACUM OFFICINALE) -POTENTIAL HEALTH BENEFITSStreszczenie. Mniszek lekarski (Taraxacum officinale) jest szeroko rozpowszechnioną byliną z rodziny Asteraceae. Roślina powszechnie uważana za chwast zawiera szereg składników chemicznych, które odpowiadają za jej właściwości lecznicze. Zawarte w mniszku lekarskim substancje aktywne należą głównie do fenoli i terpenów, ponadto są obecne węglowodany, białka, nienasycone kwasy tłuszczowe, witaminy oraz minerały. Dzięki ich obecności mniszek lekarski od wieków był stosowany jako naturalny lek w leczeniu wielu chorób. Ponadto ta niepozorna roślina ma bardzo dużą wartość dietetyczną, dzięki czemu znalazła zastosowanie w kuchni jako syrop, substytut kawy czy herbaty, a także jako składnik sałatek. W ostatnich latach wzrosło zainteresowanie mniszkiem lekarskim wśród naukowców. Pojawiło się wiele prac dotyczących możliwości zastosowania tej rośliny w medycynie. W niniejszej pracy przedstawiono przegląd aktualnych badań i doniesień naukowych na temat składu chemicznego oraz właściwości antyoksydacyjnych, przeciwbakteryjnych, przeciwzapalnych, przeciwnowotworowych i hipolipidemicznych ekstraktów z mniszka lekarskiego. Łatwa dostępność surowca tym bardziej zachęca do prowadzenia badań i odkrywania nowych możliwości zastosowania mniszka lekarskiego w medycynie, szczególnie w dobie zintensyfikowanych poszukiwań nowych, naturalnych farmaceutyków.Słowa kluczowe: Taraxacum officinale, mniszek lekarski, właściwości prozdrowotne, działanie lecznicze WstępRodzaj Taraxacum Wigg. jest reprezentowany na świecie przez ponad 2500 gatunków. Są one zgrupowane w 54 sekcjach wyróżnionych na podstawie kryteriów morfologicznych, biologicznych i geograficznych. Gatunki te cechuje ogromne zróżnicowanie

show abstract

“…A number of potent AMPs have been isolated from seeds, the main source of AMPs [29][30][31][32][33][34][35][36][37][38][39]. Thus, we characterized two defensins and a hairpinin from seeds of common chickweed (Stellaria media L.), a weed highly resistant to stresses [38,39].…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%