A relação econômica entre os efeitos epidemiológicos e de gestão da pandemia de COVID-19 na etapa de colheita da soja em Mato Grosso do Sul são discutidos neste trabalho. Um modelo matemático epidemiológico foi utilizado para projetar os períodos de maior pico de infectados pelo vírus. A partir destes resultados avaliou-se o impacto na cadeia de suprimentos da soja, para o estado de Mato Grosso do Sul, da variação nos preços do diesel devido aos choques de oferta e demanda provocados pela pandemia. O modelo epidemiológico proposto é conhecido na literatura como SIR (Suscetíveis – Infectados – Removidos), foram aplicados dados de contágio para as características do Brasil, atualizando as previsões que, durante o início da pandemia, utilizavam parâmetros internacionais. Os resultados ejetados com o modelo epidemiológico associam-se ao levantamento de como as reduções no preço praticado para o diesel afetaram os agentes envolvidos com a colheita e distribuição da cadeia de suprimentos da soja. Os resultados da pesquisa apontaram que grande parte dos produtores no estado de Mato Grosso do Sul estavam no momento de colheita da soja durante o movimento de redução nos preços do combustível; devido à etapa de colheita e distribuição serem intensivas no uso de diesel, avaliou-se que houve impacto positivo para a cadeia de suprimentos da soja da ordem d 4,6 milhões de reais em nível estadual. De acordo com as conclusões do estudo, os produtores não absorveram de forma equânime tanto os efeitos positivos quanto os efeitos deletérios da pandemia.