La exposición a arsénico (As) a través del agua de consumo es una problemática mundial que afecta a varias áreas geográficas. Sin embargo, la información relacionada con su exposición y sus efectos en Perú es limitada. Con el objetivo de estimar la relación entre la exposición a As y los factores de riesgo de aterogénesis en residentes de Jauja, Perú (3390 msnm), se realizó un estudio transversal en residentes de Apata (n = 31) y Molinos (n = 81) que consumían agua con concentraciones de As entre 5 y 47 µg/L, respectivamente. Se evaluaron las concentraciones de As en agua y orina por espectrofotometría de absorción atómica con generación de hidruros, además del perfil lipídico, la actividad arilesterasa de la paraoxonasa 1 (PON-ARE), la presión arterial y los niveles de glucosa en ayunas (Glu). En el estudio participaron 112 adultos de 18 a 81 años de edad. La mediana de las concentraciones de As total en orina (AsT-U) fue de 4.4 y 28.5 µg/L para Apata y Molinos, respectivamente. Según el análisis de regresión lineal múltiple por pasos, la disminución de la actividad PON-ARE y las concentraciones de colesterol no HDL estuvieron relacionadas con mayor concentración de AsT-U (Apata: β = –0.26, IC de –0.93 a –0.17, R2 = 0.07, p < 0.001; Molinos: β = –0.38, IC de –0.797 a –0.295, R2 = 0.15, p < 0.001). Por otra parte, se observó un aumento de Glu a mayor concentración de AsT-U (β = 0.22, IC de 0.09 a 0.35, R2 = 0.09, p < 0.05). Los resultados sugieren que la exposición a As puede aumentar el riesgo de aterogénesis en la población de Molinos Jauja, Perú.