En las últimas décadas, el interés por el estudio de murciélagos en la Región de Arequipa se ha centrado en documentar su diversidad, contándose con pocas investigaciones que aborden aspectos de su ecología. Los murciélagos son un grupo atractivo para realizar estudios sobre uso de hábitat, dado que presentan una amplia gama de gremios tróficos. Por tanto, aquí presentamos el primer esfuerzo por describir el uso de áreas agrícolas por murciélagos insectívoros en los valles costeros de Arequipa, suroeste del Perú. Se evaluó la intensidad de uso y preferencia de hábitat de murciélagos en cultivos representativos de los valles de Ocoña, Camaná y Tambo, a partir de datos bioacuáticos. El diseño de muestreo consideró ocho cultivos, cuatro noches de grabación por cultivo, y en las dos temporadas del año. Se registró un total de 47895 grabaciones de ecolocalización, pertenecientes a nueve especies de murciélagos, siendo Mormopterus kalinowski, Eumops chiribaya, Tadarida brasiliensis y Myotis atacamensis las especies que mostraron mayor actividad relativa en los diferentes tipos de cultivo evaluados (alfalfa, tomate, ajo – cebolla y maíz). Los análisis NMDS y ANOSIM no encontraron diferencias entre los ensambles de murciélagos que ocurren en la temporada seca, pero estos si encontraron diferencias en la temporada húmeda, mostrando ensambles definidos en los cultivos de caña de azúcar, alfalfa, maíz y ajo-cebolla. Finalmente, el presente estudio refuerza el conocimiento sobre los servicios ecosistémicos que brindan los murciélagos como potenciales controladores de insectos plaga en los valles costeros del sur del Perú