Lagothrix flavicauda es endémica y vive en simpatría con otros primates en bosques montanos de Amazonas, San Martín, La Libertad y Huánuco. Información detallada sobre su abundancia y estado de conservación, así como de los sitios con poblaciones saludables son desconocidas, excepto para Amazonas donde fueron ejecutados la mayoría de los estudios. Para obtener la información sobre los aspectos mencionados fueron conducidos censos por transecto entre noviembre y diciembre del 2015, febrero a mayo del 2016 y entre junio y julio del 2016 en seis sitios de muestreo localizados entre las regiones de San Martín y Huánuco. Como resultado de los censos fueron avistados 49 grupos pertenecientes a 7 especies, siendo L. flavicauda la más observada con 14 grupos. Grupos más grandes se observaron en L. flavicauda (promedio 13.5±2.2 individuos) y Cebus yuracus (promedio 12.5±3.6 individuos) y más pequeños en Alouatta seniculus (promedio 3.0±2.4 individuos), ambos en Huánuco. La abundancia relativa fue más alta para L. flavicauda en San Martín (2.4 individuos/10 km) y más baja para A. seniculus en Huánuco (0.2 individuos/10 km). Con el registro de L. flavicauda en el lado oriental del río Huallaga su distribución en Huánuco se amplía hasta el río Pozuzo, pero en el lado occidental podemos considerarlo localmente extinta en gran parte de su distribución. En los sitios de muestreo, la deforestación y la caza son las principales amenazas para los primates y otros componentes de la fauna silvestre.