A prescrição de medicamentos magistrais pode trazer muitas vantagens à terapêutica, principalmente em áreas específicas como a neonatologia devido à baixa disponibilidade da forma farmacêutica ideal para as questões clínicas apresentadas por estes pacientes. Este trabalho teve como objetivo analisar a prescrição de medicamentos magistrais orais em Unidade de Terapia Intensiva Neonatal em um Hospital de nível terciário em Neonatologia da cidade de São Paulo. Foi realizado um estudo quantitativo,descritivo e retrospectivo, no período de março de 2020 a fevereiro de 2021, analisando as frequências das prescrições de medicamentos magistrais e as classes terapêuticas. Os fármacos mais manipulados em formulações líquidas foram: espironolactona (31,7%), hidroclorotiazida (17,9%), furosemida (14,2%), sildenafil (14,0%), captopril (10,5%), omeprazol (9,7%) e propranolol (2,0%). De acordo com o sistema de classificação Anatômico Terapêutico Químico (Anatomical Therapeutic Chemical – ATC), o maior número de prescrições corresponde ao grupo C, doenças cardiovasculares. O estudo mostra a importância da adaptação de medicamentos magistrais na UTI neonatal e portanto, a importância da farmacotécnica hospitalar na neonatologia garantindo a eficácia e segurança dos medicamentos.