Los ecosistemas tropicales albergan una amplia diversidad de mamíferos medianos y grandes. El objetivo de esta investigación fue estimar la diversidad de especies de mamíferos medianos y grandes mediante fototrampeo en acahuales y Selva alta perennifolia del Sitio Experimental Las Margaritas, ubicado en la Sierra Nororiental de Puebla. Se muestrearon dos áreas de vegetación con diferentes grados de recuperación: vegetación secundaria (acahual) y Selva alta perennifolia. Se estimaron riqueza, abundancia, y diversidad alfa y beta de mamíferos medianos y grandes. Se registraron 19 especies de mamíferos silvestres pertenecientes a seis órdenes y 10 familias; las especies más abundantes fueron Nasua narica, Didelphis marsupialis y Dasypus novemcinctus, mientras que Herpailurus yagouaroundi, Potos flavus, Puma concolor, Leopardus wiedii, Urocyon cinereoargenteus y Conepatus leuconotus registraron la menor abundancia. El acahual y la Selva alta perennifolia presentaron una riqueza proporcional y una diversidad alfa con valores de H´=2.04 y 2.11, el Índice de Pielou fue de J’=0.94 y 0.89, el índice de Simpson tuvo valores de =0.14 y 0.16, respectivamente; la complementariedad fue de 32 %, lo que representa una escasa diferenciación de la equidad de las comunidades de especies existentes en las dos áreas. La diversidad beta correspondió a 68 % de similitud, ello indica una complementariedad intermedia entre hábitats. Los ecosistemas del Sitio Experimental “Las Margaritas” funcionan como refugio de una diversidad notable de mamíferos medianos y grandes que incluyen cuatro especies listadas en la NOM-059-SEMARNAT-2010.