E-CRISP: fast CRISPR target site identification

Heigwer, Florian; Kerr, Gráinne; Boutros, Michael

doi:10.1038/nmeth.2812

Cited by 793 publications

(571 citation statements)

References 10 publications

Supporting

Mentioning

543

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Four sgRNAs were designed using the E-CRISPR and the CRISPRdirect websites (Heigwer et al, 2014;Naito et al, 2015) for X. laevis and X. tropicalis, respectively, and were synthesized using the MegaShortscript Kit (Ambion). The sequences are summarized in Table 1.…”

Section: Crispr/cas9 Componentsmentioning

confidence: 99%

High-efficiency non-mosaic CRISPR-mediated knock-in and indel mutation in F0 Xenopus

et al. 2017

View full text Add to dashboard Cite

The revolution in CRISPR-mediated genome editing has enabled the mutation and insertion of virtually any DNA sequence, particularly in cell culture where selection can be used to recover relatively rare homologous recombination events. The efficient use of this technology in animal models still presents a number of challenges, including the time to establish mutant lines, mosaic gene editing in founder animals, and low homologous recombination rates. Here we report a method for CRISPR-mediated genome editing in Xenopus oocytes with homology-directed repair (HDR) that provides efficient non-mosaic targeted insertion of small DNA fragments (40-50 nucleotides) in 4.4-25.7% of F0 tadpoles, with germline transmission. For both CRISPR/Cas9-mediated HDR gene editing and indel mutation, the gene-edited F0 embryos are uniformly heterozygous, consistent with a mutation in only the maternal genome. In addition to efficient tagging of proteins in vivo, this HDR methodology will allow researchers to create patient-specific mutations for human disease modeling in Xenopus.

show abstract

Section: Crispr/cas9 Componentsmentioning

confidence: 99%

High-efficiency non-mosaic CRISPR-mediated knock-in and indel mutation in F0 Xenopus

et al. 2017

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…The Cas9 nuclease and its gRNA can be delivered into cells for genome editing on the same or separate plasmids, and numerous resources have been developed to facilitate target site selection and gRNA construction, including E-CRISP (Heigwer et al 2014), among others. Although Cas9 boasts the highest ease of use among the targeted nuclease platforms, several reports have indicated that it could be prone to inducing off-target mutations (Cradick et al 2013;Fu et al 2013).…”

Section: Crispr-cas9mentioning

confidence: 99%

Genome-Editing Technologies: Principles and Applications

Gaj

Sirk

Shui

et al. 2016

Cold Spring Harb Perspect Biol

295

142

View full text Add to dashboard Cite

Targeted nucleases have provided researchers with the ability to manipulate virtually any genomic sequence, enabling the facile creation of isogenic cell lines and animal models for the study of human disease, and promoting exciting new possibilities for human gene therapy. Here we review three foundational technologies-clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-CRISPR-associated protein 9 (Cas9), transcription activator-like effector nucleases (TALENs), and zinc-finger nucleases (ZFNs). We discuss the engineering advances that facilitated their development and highlight several achievements in genome engineering that were made possible by these tools. We also consider artificial transcription factors, illustrating how this technology can complement targeted nucleases for synthetic biology and gene therapy.

show abstract

“…Akademik laboratuvarlar tarafından geliştirilen bir uygulama ise çok sayıda farklı türde gRNA tasarımı yapılabilmesini desteklemektedir; E-CRISP, CHOP-CHOP, CRISPR Direct ve CRISPR-ERA. [39][40][41][42] Bu uygulamaların ço-ğunda gRNA'ların diziye özgül potansiyel hedef dışı etkileri ve gRNA'ya bitişik uygun bir PAM dizisinin olup olmadığı taranmaktadır.…”

Section: Cpf1 (From Various Species) Ttnunclassified

From the Immune Response to the Genome Design; CRISPR-Cas9 System: Review

Çetintaş¹,

Kotmakçı²,

Kaymaz³

2017

Turkiye Klinikleri J Med Sci

View full text Add to dashboard Cite

Tur ki ye Kli nik le ri J Med Sci 2017;37(1):27-42 BAĞIŞIKLIK SİSTEMİ OLARAK CRISPR-CasPatojenler, özellikle virüsler, gelişmiş canlılarda olduğu kadar tek hücreli canlılar için de tehdit oluş-turmaktadır. Bu bakımdan tek hücreli canlıların da virüslere karşı genomlarını korumak için bir savunma sistemine sahip olmaları gerekmektedir. Yirmi yıl öncesine kadar, bakterilerin bağışıklık sistemi olarak sadece doğal restriksiyon enzimlerine sahip olduğu biliniyordu. Ancak son yıllarda yapı-lan çalışmalarda, bakterilerin de karşılaştıkları patojenlere karşı kazanılmış bağışıklık sistemi geliştirebildikleri gösterildi. Günümüzde CRISPRCas olarak adlandırılan bu sistemin arkelerin %84'ünde ve bakterilerin ise yaklaşık %45'inde bulunduğu bilinmektedir. 1Prokaryot canlılarda "d dü üz ze en nl li i a ar ra al lı ık kl la ar rl la a b bö ö--l lü ün nm mü üş ş k kı ıs sa a p pa al li in nd dr ro om mi ik k t te ek kr ra ar r k kü üm me el le er ri i" (CRISPR: clustered regularly interspaced short palindromic repeats) adı verilen belirli DNA bölge-leri kazanılmış bağışıklık sisteminin temelini oluşturmaktadır.2,3 CRISPR bölgelerinin tekrarlayan palindromik dizileri ilk olarak Ishino ve ark. tarafından Escherichia coli'de Apoptoz inhibitör protein (IAP: The inhibitory of apoptosis protein) gen dizisi çalışılırken bulunmuştur. 4 IAP geninin dizi analizi sırasında, aşağı akış bölgesinde 29 nük-leotit (nt) tekrar kümeleri ve bu tekrarların arasında 32 nt ara DNA bölgeleri belirlenmiş ancak fonksiyonları anlaşılamamıştır. Sonraki yıllarda yapılan çalışmalar tekrarlayan DNA bölgelerinin çok sayıda bakteri ve arkelerde bulunduğunu, ayrıca bu bölgelerdeki DNA dizilerinin plazmitler, transpozonlar ve bakteriyofajlar gibi ekzojen mobil genetik elementlerle özdeş olduğunu göstermiştir. 5Biyoinformatik analizler CRISPR bölgelerinin, yakınlarında bulunan C Ca as s (CRISPR associated) genleri ile ilişkili olduğunu göstermekle birlikte, birçok Cas geninin nükleaz ve helikaz gen ailelerine benzer diziler içerdiğinin keşfedilmesini sağlamış-tır.3 Bu bulgular CRISPR/Cas sisteminin RNA-aracılı bir savunma sistemi olabileceği hipotezini ortaya çıkartmıştır. Bu hipotez Barrangou ve ark.nın 2007 yılında yapılan çalışmasında doğru-lanmış, CRISPR sekanslarının ve ilişkili Cas proteinlerin bakteriyofaj enfeksiyonuna karşı müdahale yönelttiğini kanıtlamıştır.2 Son 10 yılda RNA-aracılı müdahale olarak CRISPR/Cas mekanizması büyük oranda aydınlatılmıştır.CRISPR bölgelerinin en belirgin özelliği, içer-dikleri tekrarlayan kısa DNA dizileridir (Şekil 1). Palindromik olan bu kısa DNA bölgeleri 5'den 3'e ve 3'den 5'e, her iki yönde de aynı okunan dizilerdir. Palindromik DNA dizi tekrarlarının arasında ise aralayıcı (spacer) adı verilen DNA bölgeleri bulunur. Özgün DNA dizilerinden oluşan aralayıcı bölgeler, kazanılmış bağışıklık sisteminin belleğini oluşturan temel öğelerdir. Bu bölgeler genellikle bir virüsün veya plazmitin nükleik asitlerinden prokaryot genomuna alınır. Prokaryot bir organizma aynı virüs ile tekrar karşılaştığında ise aralayıcı diziler tan...

show abstract

E-CRISP: fast CRISPR target site identification

Cited by 793 publications

References 10 publications

High-efficiency non-mosaic CRISPR-mediated knock-in and indel mutation in F0 Xenopus

High-efficiency non-mosaic CRISPR-mediated knock-in and indel mutation in F0 Xenopus

Genome-Editing Technologies: Principles and Applications

From the Immune Response to the Genome Design; CRISPR-Cas9 System: Review

Contact Info

Product

Resources

About