Objetivo: avaliar alterações neuropsiquiátricas e avaliar fatores associados a déficit intelectual em pacientes com Complexo de Esclerose Tuberosa (CET).Métodos: estudo transversal com 20 pacientes com diagnóstico de CET em um centro de neurologia pediátrica, avaliados por entrevista, prontuário, Escalas Wechsler de Inteligência, Escala Childhood Autism Rating Scale e Questionário Child Behavior Checklist /Adult Self Report. Foi realizada análise descritiva para caracterização das variáveis e os testes Mann-Whitney U e Teste de Fisher para comparação de grupo sem e com déficit intelectual.Resultados: Noventa e cinco por cento dos participantes apresentou epilepsia, 45% déficit intelectual e 25% autismo. Encontraram-se ainda manifestações clínicas de problemas de conduta, ansiedade e personalidade esquiva. Houve relação significativa entre déficit intelectual e as seguintes variáveis: número de medicamentos para controle da epilepsia (p=0,002), uso de benzodiazepínicos associados a anticonvulsivantes no tratamento da epilepsia (p=0,005) e autismo (p=0,008).Conclusões: Foi encontrada alta prevalência de epilepsia, déficit cognitivo e manifestações psiquiátricas, condizente com descrições da literatura atual. O déficit intelectual mostrou-se associado a um maior número de fármacos no controle de epilepsia e ao autismo.