Los macroinvertebrados bentónicos cumplen funciones ecológicas importantes en los sistemas lóticos, como el traspaso de energía a través de las redes tróficas, la descomposición de la materia orgánica, reciclaje de nutrientes y mezcla de sedimentos. Uno de los principales factores que definen la composición del ensamble de macroinvertebrados es la disponibilidad de microhábitats. Debido a ello, se evaluó el efecto de ocho microhábitats (hojarasca, grava o cascajo, piedras o guijarro, roca o peña, musgo, vegetación acuática, pozas y cataratas), así como de la velocidad y profundidad, sobre la abundancia y riqueza específica de los macroinvertebrados en los ríos La Labor y Tzununá; los cuales forman parte de la cuenca del lago Atitlán en el altiplano de Guatemala. Se colectaron 19,529 organismos correspondientes a 91 taxa, 49 familias y 65 géneros. El microhábitat que presentó mayor abundancia fue hojarasca (7,723 organismos), mientras que piedras presentó la mayor riqueza (41 taxa). Pozas presentó la menor abundancia (652 organismos) y musgo tuvo la menor riqueza (28 taxa). Se evidenció que el microhábitat tuvo un efecto significativo sobre la abundancia y la riqueza (p < .05), ésta última también se vio influenciada por la profundidad (p =.030). Se concluyó que el microhábitat es un factor importante, para determinar la composición de la comunidad de macroinvertebrados; ya que la presencia y dominancia de elementos de heterogeneidad en los ríos, contribuye a incrementar la diversidad del hábitat físico. El cual provee de refugio y alimento a los organismos, promoviendo la abundancia y riqueza de macroinvertebrados en los sistemas lóticos.