Avaliou-se neste trabalho as características histomorfométricas da mucosa intestinal de tambaqui após uso de probiótico a base de Bacillus spp., veiculado na ração e dissolvido na água durante transporte. Foi utilizado um delineamento inteiramente casualizado com três tratamentos e sete repetições, sendo comparado um tratamento controle (peixes alimentados com ração comercial sem probiótico) a dois outros tratamentos envolvendo o uso de probiótico comercial, veiculado na ração ou na água de transporte. Um total de 510 juvenis de tambaqui (peso e comprimento total médio inicial de 83,26±28,14g e 17,39±1,90cm, respectivamente) foi distribuído em três tanques de alvenaria. Durante 60 dias, os peixes de dois tanques foram alimentados com ração comercial e os do terceiro tanque com ração comercial suplementada com probiótico. Após este período, os peixes de cada tanque foram divididos em sacos plásticos e transportados por 4 horas de acordo com os seguintes tratamentos: T1 = alimentação com ração comercial (controle); T2 = alimentação com ração comercial e probiótico adicionado na água durante o transporte (20mg/L); T3 = alimentação com ração comercial suplementada com probiótico (1,0g/kg de ração). Antes do transporte (basal), 24 e 96 horas após o transporte, oito peixes de cada tratamento foram submetidos a eutanásia e o intestino retirado para pesagem e mensuração do comprimento para estabelecimento da relação comprimento corporal/ intestino. Em seguida, foi realizada coleta da porção anterior e posterior do intestino, para avaliação das características morfo-histológicas da mucosa intestinal. O uso de probiótico durante o transporte não afetou o peso do intestino de juvenis de tambaqui. O comprimento do intestino do tambaqui não foi alterado pelo tratamento, sendo observada somente relação linear entre o comprimento intestinal e o comprimento corporal (CC) dos peixes. A suplementação com probiótico (Bacillus spp.) não exerceu nenhum efeito na altura e comprimento das vilosidades do intestino do tambaqui desafiados com o transporte.