Objetivo: Compreender a relação da fibromialgia com a variante genética, Cdx2, do gene VDR que codifica receptor de vitamina D e avaliar a associação das características clínicas dos participantes do estudo com as variantes genotípicas e alélicas do gene VDR. Métodos: é um estudo caso-controle, quantitativo e experimental que recrutou 65 indivíduos, porém pelos fatores de exclusão aplicados somente 62 participaram efetivamente, sendo 33 com FM e 29 do grupo controle. Foram aplicados 5 questionários para aqueles com a doença e somente 1 para aqueles sem. O polimorfismo estudado, do cdx2, promove uma troca de G/A, no cromossomo 12q13.11, encontrado por meio da técnica de qPCR. Resultados: Pela análise dos genótipos 54,8% (34/62) dos participantes eram GG, 32,3% (20/62) GA e o genótipo AA estava presente em 12,9% (8/62). Dos participantes, 83,9% (52/62) eram do sexo feminino e 74,2% (46/62) brancos. A variante genética, Cdx2, se correlacionou estatísticamente com a FM (p= 0,004), onde 66.7% dos pacientes com FM apresentaram o genótipo GG, sendo que os portadores do genótipo GG/GA apresentaram 12,6 vezes mais chances de desenvolver a FM (OR=12,57; IC95%: 1,465-107,889; p = 0,001) em relação aos indivíduos com o genótipo AA. Conclusão: O polimorfismo do Cdx2 (AA) aumenta a expressão do receptor e assim, inibe a resposta Th1 e ativa a Th2 melhorando a resposta a vitamina D, atuando como um fator protetor para o individuo sem a doença.