Bei der Bekämpfung von Biofouling müssen drei Probleme gelöst werden: 1. der Nachweis, 2. die Beseitigung der Störung und 3. die Vermeidung zukünftiger Schäden. Der Nachweis von Biofouling muß durch Beprobung von Oberflächen erfolgen; Zellzahlen in Wasserproben lassen weder über Ort noch Ausmaß von Biofilmen eine Aussage zu. Für die Beseitigung von Biofilmen sind Biozide nur begrenzt geeignet. Zum einen werden Biofilm‐Organismen durch die Schleimmatrix geschützt, so daß sich ihre Biozid‐Toleranz um eine bis zwei Größenordnungen erhöhen kann. Zum anderen reicht die Abtötung nicht aus, weil technische Systeme nicht steril gehalten werden können. Tote Biomasse dient für Keime, die mit dem nachfolgenden Rohwasser eingetragen werden, als Aufwuchsfläche und Nährsubstrat. Daher ist die Reinigung des Systems eher noch wichtiger. Dafür ist eine gezielte Strategie notwendig. Sie muß von einer Erfolgskontrolle begleitet sein, die durch Inspektion repräsentativer Oberflächen geschehen muß. Die Verhinderung von Biofouling wird oft durch kontinuierliche Dosierung von Bioziden erreicht; dies ist allerdings nur bei geeigneten Rohwässern möglich, und es werden zahlreiche Mißerfolge berichtet. Für die Dauerdosierung wird vor allem Chlor eingesetzt, was allerdings aus Gründen der Wirksamkeit und des Umweltschutzes als unbefriedigend angesehen wird. “Technische Hygiene” wird als Gegenstrategie empfohlen. Sie besteht aus häufiger Reinigung, Erfolgskontrolle, Biofilm‐Monitoring, Limitierung der Nährstoffe, Aufrechterhaltung hoher Scherkräfte und einem reinigungsfreundlichen Design der Anlage.