Pelabuhan mengalami berbagai hambatan fisik antara lain masalah pendangkalan yang disebabkan sedimentasi yang terjadi pada kolam dermaga dan alur pelayaran. Pendangkalan harus diminimalisasi terutama pada kolam dermaga guna mengamankan dan melancarkan arus pelayaran. Untuk mengurangi pendangkalan yang diakibatkan oleh sedimentasi adalah dengan cara melakukan pengerukan pada kolam dermaga.Pengerukan merupakan bagian dari ilmu sipil. Pekerjaan pengerukan meliputi dua jenis kegiatan, yaitu pekerjaan pengerukan hasil material keruknya tidak dimanfaatkan atau dibuang dan pekerjaan pengerukan yang hasil material keruknya dimanfaatkan. Proses pekerjaan pengerukan ada 3 tahapan yaitu tahap pengerukan dasar laut, tahap penggalian, tahap mengangkut dan membuang. Adapun alat yang biasa dipergunakan untuk mengambil tanah atau material dari lokasi di dasar air, dan memindahkan atau membuangnya ke lokasi lain biasa disebut kapal keruk.