Objective: To evaluate the use of optic fiber and different pre-irradiation times (PIT) in phototherapy with LED for the root canal disinfection of bovine teeth infected in vitro with Enterococcus faecalis. Methodology: The teeth were incubated for 60 days and divided into six groups according to disinfection protocol: Group 1 -distilled water; Group 2 -1 minute PIT and no optic fiber; Group 3 -1 minute PIT and optic fiber; Group 4 -5 minute PIT and no optic fiber; Group 5 -5 minute PIT and optic fiber; Group 6 -2% sodium hypochlorite. Microbiological test (CFUs counting) and scanning electron microscopy (SEM) were performed to evaluate the effectiveness of proposed treatments. Results: SEM analysis of canal wall, in the three thirds, revealed group 6 had the best results, whereas microbiological results revealed that group 6 had the best results. No differences in disinfection of root canals were found when optic fiber was used for photodynamic therapy. Conclusion: Photodynamic therapy should not be used alone in the disinfection of root canals, but it may be valuable as a complement for disinfection performed using different cleaning methods. Análise comparativa de redução microbial usando terapia fotodinâmica em dentes bovinos infectados com Enterococcus faecalis -um estudo in vitro RESUMO Objetivo: Avaliar, in vitro, o uso da fibra óptica e diferentes tempos de pré-irradiação (PIT) na terapia fotodinâmica para a descontaminação do canal radicular de dentes bovinos infectados com Enterococcus faecalis. Metodologia: Os dentes foram incubados por 60 dias e divididos em 6 grupos de acordo com o protocolo de descontaminação: Grupo 1 -água destilada; Grupo 2 -1 minuto de pré-irradiação sem fibra óptica; Grupo 3 -1 minuto de pré irradiação com fibra óptica; Grupo 4 -5 minutos de pré-irradiação sem fibra óptica; Grupo 5 -5 minutos de pré-irradiação com fibra óptica; Grupo 6 -hipoclorito de sódio 2%. Teste microbiológico (contagem de UFCs) e microscopia eletrônica de varredura (MEV) foram realizados para avaliar a eficácia dos tratamentos propostos. Resultados: A análise em microscopia electronica de varredura das paredes do canal radicular, nos três terçoes, bem como a análise microbiológica, revelou que o grupo 6 obteve o melhor resultado no processo de descontaminação. Não foram encontradas diferenças estatisticamente significantes na desinfecção do canal radicular comparando o uso ou não da fibra óptica. Conclusão: Terapia fotodinâmica isoladamente não deveria ser utilizada na desinfecção do canal radicular, mas pode ser uma alternative viável como complemento a partir da utilização de diferentes métodos de limpeza.