OBJETIVO: Comparar a freqüência de desfecho desfavorável (óbito, abandono e falência de tratamento) entre pacientes com co-infecção tuberculose (TB)/HIV submetidos a tratamento para TB com confirmação etiológica do diagnóstico e pacientes co-infectados com TB/HIV e tratados sem confirmação diagnóstica. MÉTODOS: Coorte retrospectivo de pacientes co-infectados com TB/HIV que iniciaram tratamento para TB entre julho de 2002 e junho de 2004, em um serviço de referência para HIV/AIDS no Recife (PE) Brasil. A exposição principal, confirmação laboratorial da TB, foi ajustada pelas variáveis de três blocos: variáveis sócio-demográficas; variáveis relacionadas ao HIV/AIDS; e variáveis relacionadas à TB. Para avaliar a significância estatística dos resultados, utilizaram-se o intervalo de confiança de 95% das odds ratios e o valor de p (teste de qui-quadrado e razão de verossimilhança). RESULTADOS: Foram estudados 262 pacientes. Não se observou associação entre confirmação laboratorial do diagnóstico de TB e desfecho desfavorável, mesmo após o ajuste pelos fatores de confusão. Permaneceram no modelo final da regressão logística múltipla: coexistência de outras doenças oportunistas; contagem de linfócitos CD4 abaixo de 50 células/mm³; carga viral entre 10.000 e 100.000 cópias/mL; dispnéia; forma disseminada de TB; e mudança do tratamento da TB por reação adversa ou intolerância. CONCLUSÕES: Os resultados sugerem que o tratamento para TB sem confirmação etiológica, em pacientes co-infectados, baseado na decisão de profissionais experientes em serviços de referência, não aumentou o risco de desfecho desfavorável do tratamento para TB. Além disso, identificaram-se grupos com maior risco de desfecho desfavorável, os quais devem ser cuidadosamente monitorados.