Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In Silico

Abstract

Abstrak. Thrixspermum merupakan anggrek yang memiliki ciri khas berbunga dalam waktu yang singkat. Akibatnya, dalam pengklasifikasian menggunakan morfologi cenderung sulit untuk dilakukan. Sehingga perlu adanya pengklasifikasian menggunakan cara alternatif misalnya dengan marka molekuler menggunakan DNA. Tujuan dari penelitian ini adalah mencari barkode DNA dari beberapa spesies Thrixspermum yang ada pada GenBank NCBI. Berdasarkan data dari NCBI, hanya terdapat 19 spesies dari genus Thrixspermum yang telah diteliti sekuennya. Dari total 19 spesies tersebut, setelah dilakukan pensejajaran sekuen menunjukkan bahwa pada lokus matK dan rbcL memiliki tingkat homologi yang tinggi, sementara pada lokus ITS menunjukkan lebih banyak variasi genetik. Terdapat dua spesies yakni T. annamense dan T. marguense yang berpotensi memiliki barcode pada lokus ITS. Selain itu, didapatkan pohon filogenetik dari 19 spesies Thrixspermum yang telah diketahui senkuennya pada NCBI.Abstract. Thrixspermum is an orchid that has the characteristic of flowering in a short time. As a result, classification using morphology tends to be difficult to perform. Therefore, an alternative method such as molecular markers using DNA is needed for classification purpose. This study was performed to identify DNA barcodes of several Thrixspermum species found in the NCBI database. Based on data from NCBI, there are only 19 species of the genus Thrixspermum with sequence have been explored. Of total 19 species, after sequence alignment showed that the matK and rbcL loci had high homology level, while at the ITS locus showed more genetic variant. There are two species namely T. annamense and T. marguense posses potential barcodes at ITS locus. In addition, a phylogenetic tree from 19 species of Thrixspermum was constructed based on the sequences deposited in NCBI.

Morpho-anatomical characterization and DNA barcode of Cosmos caudatus Kunth.

“…This result is supported by Ho et al (2021) that the combination of the rbcL and matK loci can significantly increase the separability. The rbcL and matK genes have better resolution and homology than other genes and ITS (Rohimah et al 2018;Perwitasari et al 2019). As an instance, species of the genus Zanthoxylum can be grouped and distinguished from other genera using the matK gene marker (Manurung et al 2018).…”

IDENTIFIKASI IKAN SELANGAT BERDASARKAN KARAKTER MORFOLOGI DAN MOLEKULER DI PERAIRAN KABUPATEN BANGKA SELATAN (Selangat Fish Identification Based on Morphological and Molecular Characters at the Waters of South Bangka)

“…Identifikasi organisme sampai pada tingkat spesies terkadang sulit dilakukan dengan menggunakan metode morfologi sehingga dibutuhkan identifikasi tambahan berupa molekuler (Achmad et al, 2019). Identifikasi molekuler memberikan hasil identifikasi yang cepat dan memiliki tingkat efisiensi tertinggi dikarenakan sifat DNA yang konstan dibandingkan dengan morfologi (Hidayat et al, 2008) selain itu identifikasi molekuler juga merupakan salah satu metode alternatif dalam identifikasi spesies jika terdapat kurangnya referensi mengenai morfologi dari spesies tersebut (Rohimah et al, 2018;Putri et al, 2020).…”

DNA Barcoding Anggrek Dendrobium linearifolium Teijsm. & Binn. Berdasarkan Penanda Molekuler ITS2

“…Prinsip DNA barcoding adalah identifikasi menggunakan sekuen DNA pendek atau barcode DNA. Sekuen DNA yang diperoleh dapat digunakan untuk mengetahui hubungan kekerabatan antar spesies dengan melihat konstruksi pohon filogenetiknya (Rohimah et al, 2018). Karakteristik sekuen DNA yang dapat dijadikan sebagai DNA barcode antara lain memiliki ukuran sekuen yang pendek (mudah diamplifikasi), mempunyai variabilitas genetik yang tinggi pada tingkat spesies, dan menggunakan primer universal untuk amplifikasi PCR (Kress & Erickson, 2007).…”