La investigación universitaria en América Latina ha tenido importantes avances en las últimas décadas, como el aumento en la inversión de capital, la internacionalización de la investigación con mayor visibilidad y colaboración en otras latitudes, la formación de posgrados de calidad, la creación de redes colaborativas interuniversitaria, entre otros logros. Sin embargo, persisten desafíos relevantes para su consolidación en la región, entre ellos el financiamiento limitado, la fuga de talentos académicos, la débil integración entre la docencia y la investigación en las instituciones y la limitada vinculación entre las universidades y los sectores productivos. El objetivo de este artículo es identificar los principales avances y desafíos de la investigación universitaria en América Latina en las últimas décadas, a través de una revisión sistemática de literatura en bases de datos académicas, con un análisis cualitativo de contenido para categorizar las tendencias y problemáticas actuales. Los resultados muestran la necesidad de diseñar estrategias y políticas públicas efectivas, con el compromiso conjunto de universidades, gobiernos y otros actores, para abordar problemáticas clave como el financiamiento restringido, la formación de investigadores y la vinculación con sectores productivos. Fortalecer la investigación universitaria es fundamental para potenciar el desarrollo económico, social y cultural en América Latina.