As enfermidades respiratórias causam grandes impactos na equinocultura. A determinação do diagnóstico das afecções de caráter inflamatório do sistema respiratório inferior (ou posterior) de equinos depende da associação de histórico e exame clínico em conjunto com os exames complementares, portanto, as intervenções realizadas por profissionais veterinários devem estar sempre amparadas por bons métodos diagnósticos para que seja instituído o tratamento adequado. Como exames complementares, as secreções de vias aéreas inferiores podem ser submetidas a citologia, cultura bacteriana, análise bioquímica, isolamento viral e testes moleculares. Dentre os métodos de coleta destaca-se a utilização das técnicas transtraqueais, entre elas, a lavagem e aspiração transtraqueal percutânea (LPP), a aspiração transtraqueal percutânea (ATP) e a lavagem e aspiração transtraqueal endoscópica (LTE). Além das técnicas transtraqueais, é possível a realização da lavagem broncoalveolar, sendo esta última capaz de colher amostras das vias respiratórias menores e mais distais. O presente estudo visou reunir as principais informações sobre as técnicas de coleta e avaliação das secreções das vias aéreas inferiores em equinos, podendo servir como material auxiliar ao diagnóstico por parte de profissionais veterinários.