O trabalho interprofissional na Atenção Primária à Saúde é estratégico para assegurar o princípio da integralidade na atenção à saúde. O Sistema Único de Saúde vem sofrendo precarizações, dadas medidas políticas que impactam na continuidade de ações e serviços. Contudo, a pandemia de COVID-19 surgiu como um novo desafio, levando as equipes a repensar e desenvolver estratégias de manutenção do cuidado integral de saúde à população. O objetivo desta pesquisa foi conhecer a percepção dos profissionais das equipes interprofissionais em saúde acerca do trabalho interprofissional desenvolvido e quais as estratégias adotadas na APS durante o período pandêmico. Estudo qualitativo, convergente-assistencial realizado com 12 profissionais das equipes interprofissionais, de três Centros de Saúde de um município do Sul do Brasil. Como resultado da análise de conteúdo das entrevistas, e, também de registros de observação participante, constituíram-se duas categorias: Percepção e mudanças acerca do trabalho interprofissional durante a pandemia de COVID-19 e Condições para concretização do trabalho interprofissional. Conclui-se que a pandemia promoveu desafios para os profissionais, impactando também na sua saúde mental, e promoveu também obstáculos para a realização do trabalho interprofissional, principalmente pelo trabalho remoto impostos pelas normativas institucionais frente ao enfrentamento da emergência. Foi necessária a criação de estratégias para a manutenção do cuidado e do trabalho interprofissional, como a oferta de teleconsultas, teleatendimento e ações de grupos de promoção à saúde virtuais.