Engineering augmented suffix sorting algorithms

Abstract

Nesta tese estudamos problemas relacionados com a ordenação de sufixos e a construção de estruturas de dados que desempenham um papel fundamental em indexação de textos e compressão de dados. Esta tese contribui com novos algoritmos para a construção do vetor de sufixos, da transformada de Burrows-Wheeler (BWT) e do vetor de prefixo comum mais longo (LCP). Esta tese é organizada como uma coletânea de artigos publicados em periódicos peer-reviewed. Nossa primeira contribuição é um algoritmo in-place que calcula a BWT e o vetor LCP simultaneamente em tempo quadrático. Nossa segunda contribuição é um algoritmo de ordenação de sufixos que constrói o vetor de sufixos e o vetor LCP em tempo e espaço ótimos para cadeias de alfabetos de tamanho constante. Nossa terceira contribuição é um conjunto de algoritmos para a construção do vetor de sufixos aumentado com o vetor LCP e com o vetor de documentos para coleções de cadeias. As soluções apresentadas nesta tese contribuem com melhorias teóricas e avanços práticos na construção de importantes estruturas de dados para processamento de cadeias.