Objetivo: Determinar los principales factores de riesgo asociados a candidemia en neonatos.Pacientes y Método: Se realizó un estudio de casos y controles retrospectivo pareado, desde enero de 2014 a diciembre de 2016. Los casos fueron pacientes con aislamiento en hemocultivo y/o líquido cefalorraquídeo de Candida spp. luego de sus primeras 48 horas intrahospitalarias y los controles fueron neonatos escogidos del censo estadístico de la sala de neonatología pareados según su fecha de admisión a sala (rango de 30 días), peso al nacer, edad gestacional y condición de egreso (vivo o fallecido). Por cada caso seleccionamos dos controles. Los factores de riesgo evaluados fueron la estancia intrahospitalaria mayor a 7 días, el uso de antibióticos de amplio espectro, ventilación mecánica, nutrición parenteral mayor a 5 días, procedimientos invasivos como colocación de accesos venosos centrales y cirugías abdominales y torácicas, enterocolitis necrosante y crecimiento de microorganismo bacteriano en hemocultivo previo a la candidemia.Resultados: Durante el período de estudio hubo aislamiento de Candida spp. en 141 neonatos. Se encontró que el 49% fue de Candida parapsilosis con la mayor letalidad asociada. En el análisis multivariado se identificaron como factores de riesgo la estancia intrahospitalaria mayor a 7 días (OR = 17,0, 95% IC = 2,36-122,4), uso de líneasumbilicales (OR = 9,04, 95% IC = 1,55-52,5), exposición a cirugía (OR = 12,4, 95% IC = 1,76-87,3) y el uso de meropenem (OR = 4,62, 95% IC = 1,34-15,9).Conclusión: La estancia intrahospitalaria prolongada mayor a 7 días y la exposición a cirugía fueron los factores de riesgo más importantes en este estudio para el desarrollo de candidemia neonatal.