Blastocystis spp. é encontrado em fezes humanas e de diversos animais, indicando uma ampla gama de hospedeiros e facilitando sua propagação, a sua prevalência está associada às condições ambientais. Este trabalho se trata de um estudo transversal coletou amostras aleatoriamente de diferentes espécies e tipos de animais (domésticos, de criação e silvestres) nos biomas Amazônia, Cerrado e Pantanal em Mato Grosso. As amostras foram coletadas passivamente, não invasivamente, mediante observação dos animais até a eliminação natural das fezes. Após a coleta, foram rotuladas, armazenadas e encaminhadas ao Laboratório de Biologia Parasitária da UNEMAT para análise. As técnicas de Hoffman, Pons-Joner e de Sheather foram aplicadas para analisar as amostras. Das 289 amostras de fezes de animais (criação, domésticos e silvestres) analisadas, 53,29% das amostras testaram positivo para a presença de Blastocystis spp., alinhando-se com relatos anteriores na literatura. Tendo assim, indicações de que animais podem ser fonte de infecção para outras espécies, sugerindo potencial zoonótico. Diferentes taxas de prevalência foram observadas entre espécies de animais e entre os biomas estudados (Pantanal, Amazônia e Cerrado), mas sem diferenças significativas estatisticamente, o que sugere que independente da espécie dos animais ou bioma, todos tem a mesma probabilidade de ser infectado por Blastocystis spp. ou até mesmo qualquer outro parasita que tenha as mesmas vias de transmissão. Apenas no tipo de animais (doméstico, criação ou silvestre) teve a diferença estatística na sua prevalência. A presença generalizada do protozoário destaca a necessidade de estratégias de saúde pública e manejo para controlar a disseminação. A consciência sobre a transmissão potencial entre animais e humanos é crucial, especialmente em ambientes com interações próximas.