Diversas bactérias podem estar presentes no ejaculado de pequenos ruminantes, podendo algumas ter efeito negativo sobre a sua qualidade, sendo assim este trabalho teve como objetivo, realizar a pesquisa da presença de microrganismos no sêmen fresco de reprodutores de pequenos ruminantes, criados Pernambuco, Brasil. Foram utilizado vinte pequenos ruminantes (três caprinos e dezessete ovinos), aparentemente saudáveis, criados na Região Metropolitana do Recife (Paulista e Recife) e participantes da Feira Agropecuária de Carpina, Zona da Mata de Pernambuco, submetidos a exame clínico e andrológico com colheita de sêmen por eletroejaculação, e pesquisa microbiológica de agentes bacterianos e fúngicos por isolamento. As amostras foram encaminhadas para o laboratório de Bacteriose do Departamento de Medicina Veterinária de UFRPE para semeio, cultura e identificação do agente. Todos os machos apresentavam-se saudáveis e aprovados quanto aos parâmetros avaliados no exame andrológico. Das vinte amostras analisadas, ocorreu o crescimento de ao menos um agente bacteriano e/ou fúngico em 80% (16) delas (um caprino e quinze ovinos), sendo os microrganismos isolados: Candida sp (n=5), Bacillus spp. (n=4), Cocobacilo gram negativo, Escherichia coli (20%), Klebisiella spp. (n=3), Pseudomonas sp. e Citrobacter sp. (n=1). Em treze amostras ocorreu o isolmente de apenas um microrganismo, em duas houve associação entre Cocobacilo gram negativo e Candida sp e Bacillus e Candida sp e uma isolamento com esses três agentes. Os agentes isolados aparentemente fazem parte da flora do trato reprodutivos dos machos, no entanto é preciso mais pesquisas para determinar os reais efeitos no trato reprodutor dos machos ovinos e caprinos, a depender da espécie, cepa bacteriana, indivíduo e da carga microbiana presente no organismo.